课后补充---空间转录组hotspot(2)

作者,Evil Genius

细胞与通路的hotspot

而我们需要实现的目标

其核心原理是:

1、邻域细胞富集,其中 a “neighborhood” is delineated as a ring encompassing six Visium spots
around a designated central spot, which we calculate by treating the spatial spots as
a network.
2、识别hotspot:hotspot表示特定细胞类型或特征富集(concentration)较高的区域,表明聚集不太可能是偶然的。相反,coldspots表示目标细胞或特征稀缺的区域,也超出了随机分布的预期。
3、距离统计:例如肿瘤和免疫hotspot之间的距离。
4、Scale/sensitivity analysis:系统地评估随着改变感兴趣区域的大小,细胞间关系如何在组织内演变(揭示不断变化的时空关系)。

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