汉晋之际的学术思想发生剧烈的变动，主要受传统思想的变化与政治斗争有关，前者成份居大。由尚交游、重品藻，反动而变为循名责实，归于申韩。因尚名务虚伪反动而为自然、率直，归于老庄。
由于东汉晚期政治败坏，局势混乱。曹操与诸葛亮采用名家或法家的思想来恢复社会秩序。
曹操提倡信赏必罚，主张法治。提出“用人唯才”的观念打破以门第或名教的标准。
诸葛亮也提倡法治观念，入蜀后修明法制，执法公平。提出“治国之要，务在举贤”的主张以任才适用。他也重视军法，如街亭之战马谡违反军令而被斩，他也自贬三等。汉末魏初的名法思想为此后魏晋玄学思潮提供了基础，使名士基于政治黑暗将焦点由名法的具体问题转向玄学的抽象思辨。
经学方面，汉末郑玄之经学已甚受推崇。然而在魏晋之世，王肃继承父学而注经，其对经学的见解与郑玄不同，遂有郑、王两派互相驳难。
曹魏末年，司马氏篡魏为晋。当时政治黑暗，知识份子之思想趋向反动、消沉而无出路。倾向曹氏者多是失势士子，采取清谈方式批评政治，主张自然。倾向司马氏者，则主张维持名教，使儒家作风渐起分化。因王肃为晋武帝外孙，遂被立为官学，一时黜郑申王，使王学成为宗主。
《竹林七贤与荣启期》，南朝大墓砖画。由上至下，左至右分别为春秋隐士荣启期及竹林七贤阮咸、刘伶、向秀、嵇康、阮籍、山涛、王戎。
魏晋时期最突出的思想为玄学。其基本教义为《老子》、《庄子》和《周易》，合称三玄。玄学家好谈玄理，不谈俗事，称为清谈，流行于魏晋时期。
在240年－248年的酝酿期，以何晏和王弼为代表。玄学家认为一件事情需要理解其背后原理的“本”方能了解平常所见的表象“末”，进而提倡“以本统末”的理论。视“本”为“道”，类比为没有形体的“无”（原理、趋势），视“末”为实际现象的“有”，并认为“万物皆产生于无”。
之后到司马炎篡魏建晋为止。
以阮籍、嵇康等竹林七贤为代表，他们把焦点由思想理论转移到人生问题上。当时政治黑暗，司马氏压抑士大夫，并以崇尚名教自饰。阮籍及嵇康等人遂主张儒教的礼法压抑人性且虚伪，强调人性的解放与自然真诚。他们带头实现这个理论，形成一股解放个性的风气。
到了西晋之后，清谈之风蔓延到政治舞台上，握有大权的达官显要也大谈玄理，呈现一批在世又欲出世的权贵。斐頠对“自然”提出修正，主张“崇有论”，以矫“虚诞之弊”。郭象进一步证明“名教”即是“自然”，玄学发展至此已臻终结。
