1. 什么是conda?
- 简单理解的话conda就是Linux的应用软件商店，类似于Windows的360软件中心，而miniconda则是轻量级的conda，做生信的话已经足够。
2. 安装miniconda
- 首先查看linux版本
bio06@VM-0-6-ubuntu:~$ uname -a
Linux VM-0-6-ubuntu 4.15.0-118-generic #119-Ubuntu SMP Tue Sep 8 12:30:01 UTC 2020 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux
- 然后从清华大学开源镜像网站上下载对应的最新版的miniconda
#用wget命令进行下载
bio06@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py39_4.9.2-Linux-x86_64.sh
Miniconda3-py39_4.9.2-Linux 100%[++++++++++++++++++++++++===================>] 58.60M 5.50MB/s in 17s
2021-05-26 23:03:10 (1.54 MB/s) - ‘Miniconda3-py39_4.9.2-Linux-x86_64.sh’ saved [61451533/61451533]
bio06@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ ls
Miniconda3-py39_4.9.2-Linux-x86_64.sh
- 下载好的是一个脚本文件，通过bash来运行它，在安装过程中点击enter和输入yes就完事了。
bio06@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ bash Miniconda3-py39_4.9.2-Linux-x86_64.sh
- 接着需要激活conda，并且输入conda后出现一大段文字说明激活成功。
bio06@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ source ~/.bashrc
(base) bio06@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ conda
- 安装好conda之后添加镜像，镜像网站相当于是主网站的副本，conda是国外软件，国内下载起来会比较慢，因此从镜像网站下载会加快下载速度
# 使用中科大的镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
3. conda 的使用
- 查看服务器上的安装的所有软件列表
conda list
- 安装软件，可以指定或不指定软件版本
conda install fastqc -y
# -y 表示在安装过程中自动选yes
- 查看是否安装成功，就查看这个软件的帮助文档，只有安装成功的软件才能查看帮助文档。
fastqc --help
- 卸载软件
conda remove fascqc -y
关于conda环境
- 查看当前conda的环境列表
(base) bio06@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ conda info --env
# conda environments:
#
base * /home/bio06/miniconda3
- 创建一个名叫rnaseq的环境，python版本为3.0
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
-激活所创建的conda环境
(base) bio06@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ conda activate rna-seq
(rna-seq) bio06@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$
- 退出所激活的环境
conda deactivate
