根据所需构建的数据库内容,运用NCBI的高级检索功能,在GEO datasets中进行数据集的检索。此处可以对检索范围进行详细的框定,方便后续的文献筛选,提高效率。
得到初步的检索结果后,可以在左边栏中对检索范围进行进一步的缩小,包括限定研究对象、研究类型、发表时间等。
点击检索界面右上角send to,可以下载所有检索结果的基本信息,txt文档。
txt文件打开速度慢,且不方便进行阅读和筛选,故运用python进行简单的处理,将样本信息整理成excel表格,便于进一步的筛选。
转换成excel格式之后,可以复制所有GSE号,运用服务器上的工具,批量下载文章的其他信息。