免疫荧光结果处理PS+ImageJ

免疫荧光

  • PS图片处理:

    • 将图片拖入ps软件
    • “command +M”调用"curve"功能,调节图片曝光程度
    • 然后根据图片的尺寸大小建立一个相同大小的画布,300 像素/英寸的清晰度;黑色背景。
    • 首先,在右下角把图层选项中“正常”改为“滤色”,然后将两组dapi和染色图层一同选上,右键进行“图层合并-merge”
    • 将图片的透明度调节至50%左右,并可以根据具体情况进行调节。
    • 然后根据之前选择好的curve参数调节两组图片。
  • 谷歌图片处理:

    • 设置参数-谷歌-20211029
target Black white
DAPI 5 200
VPS13C 20 253
GSTP1 5 180
  • Image J 批量处理荧光强度处理:
  • 平均荧光强度的定义:对于一张单通道(单色)的荧光图片,每个像素的灰度值代表了该点的荧光强度大小,特定区域的荧光强度公式:平均荧光强度(Mean) = 该区域荧光强度总和(IntDen) / 该区域面积(Area);Mean: Mean gray value; IntDen: Integrated Density

  • 平均荧光强度并不等于免疫组化中的光密度(Optical Density),所以不需要Invert以及Calibration。单位可以用Arbitrary Units(AU)

  • 设置录制:打开图片 --- Plugins --- Macros --- Record --- name it
  • 格式转化:Image --- Type --- 8-bit(为灰度图片)
  • 调节阈值:Image --- Adjust --- Threshold --- dark ground(自己调节/“Auto”)--- Apply
  • 设定需要测量的参数(Analyze-Set Measurements)(area;mean gray value;limit to threshold; integrated density; area fraction)
  • 检测(Analyze-Measure)
  • 保存数据:file --- save as
  • 设置“录制”好的代码:Process --- batch --- macro --- 选择导入文件夹+导出文件夹 --- 粘贴代码 --- process
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