早上四点五十起床
起床后烧水泡了新会陈皮水
然后饭后书房学习了一个小时至六点
六点二十下楼运动
早上阅读了半个小时的英文文献
同时配合Kimi来加深对文献的理解
对于自己随时闪现出来的问题和疑问
及时地在Kimi上提问
Kimi能够快速且精确地返回自己想要的结果
这样的学习方法感觉还挺好的
Kimi在某一方面确实比搜索的效率更加高。
刚刚尝试了把在Kimi上提问的问题直接到搜索引擎
里面搜索
结果找到了各种丰富的资料
有文字、图片甚至还有精美的视频
由此可见
缺的不是工具
还是问题
更是一颗探索未知的心
也就是一颗对未知的好奇心
这样的好奇心才是令人心潮澎湃的。
1.
提问：
Full-length ORFs of Nme1Cas9 (encoding residues 1–
1082), Nme2Cas9 (encoding residues 1–1082), SmuCas9
(encoding residues 1–1063) and AcrIIC5 (encoding residues
1–130) were synthesized from Sangon Biotech and cloned
into an expression vector pET28a-Sumo with a N-terminal
His6-Sumo tag.翻译并解释这段内容
Kimi回复：
翻译：
全长的Nme1Cas9（编码残基1-1082）、Nme2Cas9（编码残基1-1082）、SmuCas9（编码残基1-1063）和AcrIIC5（编码残基1-130）的开放阅读框（ORFs）是由Sangon Biotech合成的，并克隆到带有N端His6-Sumo标签的表达载体pET28a-Sumo中。
解释：
这段内容描述了一种分子生物学实验操作，其中涉及到了几个特定蛋白质的全长开放阅读框（ORFs）的合成和克隆。开放阅读框（ORFs）是指DNA序列中可能编码蛋白质的区域，从起始密码子开始到终止密码子结束的连续序列。
- Nme1Cas9、Nme2Cas9、SmuCas9：这些都是Cas9蛋白的不同变体，它们分别来源于不同的微生物（Neisseria meningitidis、Neisseria meningitidis的另一株以及Simonsiella muelleri）。Cas9是一种在CRISPR-Cas9基因编辑系统中起作用的核酸酶，能够切割DNA。
- AcrIIC5：这是一种抗CRISPR蛋白，它可以抑制Cas9蛋白的活性。
- 残基1–1082/1063/130：这些数字表示蛋白质的氨基酸序列的长度，残基是构成蛋白质的基本单位。
- Sangon Biotech：是一家生物技术公司，提供合成DNA服务。
- 表达载体pET28a-Sumo：这是一种常用于在大肠杆菌中表达重组蛋白的载体。pET28a是一种质粒，可以携带外源基因并在细菌中复制。Sumo是一种蛋白质标签，有助于提高目标蛋白的溶解性和稳定性。
- N端His6-Sumo标签：这是一种融合在目标蛋白N端的标签，含有六个组氨酸残基（His6）和一个Sumo蛋白。His6标签有助于通过金属亲和层析（如镍柱）纯化蛋白质，而Sumo标签有助于提高蛋白质的溶解性和稳定性。
总的来说，这段内容描述了一种实验方法，通过合成特定蛋白质的基因序列，并将其插入到一个特殊的载体中，以便在细菌中表达带有标签的目标蛋白，这有助于后续的蛋白质纯化和功能研究。
2.
提问：The codons of these genes are optimized
according to Escherichia coli. Mutants were constructed using
a site-directed mutagenesis kit. All proteins were overexpressed
in E. coli BL21 (DE3) (Novagen) cells and were induced
with 0.2 mM isopropyl--D-1-thiogalactopyranoside
(IPTG) at OD600 = 0.8 at 18◦C for 12 h.翻译并解释这段内容？
Kimi回复：
翻译：
这些基因的密码子根据大肠杆菌进行了优化。突变体是使用定点突变试剂盒构建的。所有蛋白质都在大肠杆菌BL21 (DE3)（Novagen）细胞中过表达，并在OD600 = 0.8时，用0.2 mM的异丙基-β-D-硫代半乳糖苷（IPTG）在18°C下诱导表达12小时。
解释：
这段内容描述了在大肠杆菌中表达和生产特定蛋白质的实验过程。
- 密码子优化：为了提高目标基因在宿主细胞（这里是大肠杆菌）中的表达效率，研究人员会根据宿主细胞的密码子使用频率对基因序列进行优化。这样做可以增加mRNA的稳定性和翻译效率，从而提高蛋白质的产量。
- 定点突变：通过使用定点突变试剂盒，研究人员可以在特定的基因位点引入预定的突变。这种方法可以用来研究特定氨基酸残基对蛋白质功能的影响，或者是为了改善蛋白质的某些特性（如稳定性、活性等）。
- 过表达：是指在宿主细胞中大量生产目标蛋白质。通常通过诱导表达系统来实现，如在大肠杆菌中常用的IPTG诱导。
- BL21 (DE3)细胞：这是一种常用于蛋白质表达的大肠杆菌宿主菌株，它含有DE3质粒，该质粒携带lacI^q基因，可以在IPTG存在时抑制目标基因的表达，而在IPTG诱导后迅速开始表达目标基因。
- IPTG：异丙基-β-D-硫代半乳糖苷，是一种诱导剂，用于诱导含有lac操纵子的基因表达。在本实验中，当细胞密度（OD600）达到0.8时，加入IPTG以诱导目标基因的表达。
- 18°C和12小时：这是蛋白质表达的诱导条件。温度和时间是影响蛋白质表达效率和产量的重要因素。低温通常有助于提高蛋白质的溶解性和正确折叠，而诱导时间的长短会影响蛋白质的总产量。
总的来说，这段内容描述了一种在大肠杆菌系统中优化基因序列、构建突变体、并高效表达目标蛋白质的实验流程。
