16S
原核生物的rRNA按沉降系数可以分为 5S、16S和 23S rRNA，以大肠杆菌为例，大小分别约为120nt、1542nt和2906nt。5S rRNA 的基因序列较短，易于测定，但是由于其缺乏足够的遗传信息，不适用于系统分类研究。与之相反，23S rRNA含有的核苷酸序列较长，分析较困难。
16S rRNA基因序列长短适中，其结构中既有保守区域，又有变异区域，是较好的生物标志物。人们根据16S rRNA 基因不同区域序列的可变性将其分为9个可变区（V1-V9）：
16S可变区示意图
18S与ITS
真核生物的rRNA按照沉降系数可以分为5S、5.8S、18S、28S，以人类为例，长度分别为121nt、156nt、1869nt和5070nt。与原核生物的5S、23S一样，5S、5.8S、28S同样不适用于系统分类研究。
18S rRNA基因序列长短适中，其结构中既有保守区域，又有变异区域，是较好的生物标志物。人们根据18S rRNA基因不同区域序列的可变性将其分为8个可变区（V1-V9，不含V6）：
18S可变区示意图
内转录间隔区（Internal transcribed spacer，ITS）是染色体上SSU rRNA与LSU rRNA之间的一段间隔区。在真核生物中有两类ITS：ITS1和ITS2，ITS1位于18S和5.8S之间，ITS2位于5.8S和28S之间。
ITS示意图
ITS序列进化速度快，表现出广泛的序列多态性，其在不同的分类水平上都具有各自的特异分子标记，不仅能够正确定义生物在种水平上的概念，而且能够鉴定近缘物种间的亲缘关系，已成为真菌在种和亚种水平上分类鉴定的有效手段。
