GO，KEGG，GSEA等久负盛名的功能富集分析方法对于解析各种基因的调控功能和互作网络起到非常重要的作用。但这些方法的一个很大的局限性就是只能针对蛋白质编码进行进行分析。因此，对于像miRNA，lncRNA和circRNA等非编码RNA的功能预测与分析时就需要采取迂回战略，即通过靶向关系（例如miRNA靶向调控蛋白编码基因），共表达关系（例如非编码RNA与蛋白质编码基因的共表达情况）和基因座位关系（例如lncRNA附近的蛋白编码基因，circRNA的宿主蛋白基因）等将非编码RNA集转换为对应的编码RNA集，再使用GO，KEGG，GSEA等工具进行功能富集分析。
本研究则基于已有的lncRNA相关功能注释，开发了直接使用lncRNA进行功能富集的工具——lncSEA （http://bio.liclab.net/LncSEA/index.php）。
lncSEA
三言两语
1. lncSEA整合18个lncRNA相关数据集，包括细胞标志物相关lncRNA，药物相关lncRNA，外泌体相关lncRNA，进化保守lncRNA，lncRNA亚细胞定位等；
2. 基于lncRNA一致的功能注释，lncSEA可以直接使用lncRNA进行功能富集分析；
3. lncSEA同时汇总了lncRNA转录调控相关数据，可以分析参与lncRNA转录调控的转录因子，超级增强子等反式和顺式调控因子。
Reference
Chen, J. et al. LncSEA: a platform for long non-coding RNA related sets and enrichment analysis. Nucleic Acids Res 49, D969-D980 (2021).
