2021-04-09:一致性指数C-index

<meta charset="utf-8">

什么是一致性指数?

C-index,英文名全称concordance index,中文里有人翻译成一致性指数,最早是由范德堡大学(Vanderbilt University)生物统计教教授Frank E Harrell Jr 1996年提出,主要用于计算生存分析中的COX模型预测值与真实之间的区分度(discrimination),和大家熟悉的AUC其实是差不多的;在评价肿瘤患者预后模型的预测精度中用的比较多。一般评价模型的好坏主要有两个方面,一是模型的拟合优度(Goodness of Fit),常见的评价指标主要有R方、-2logL、AIC、BIC等;

另外一个是模型的预测精度,顾名思义就是模型的真实值与预测值之间差别大小,均方误差,相对误差等。在临床应用上更注重预测精度,建模的主要目的是用于预测,而C-index它就属于模型评价指标中的预测精度。

C-index的计算方法是把所研究的资料中的所有研究对象随机地两两组成对子,以生存分析为例,两个病人如果生存时间较长的一位其预测生存时间长于另一位,或预测的生存概率高的一位的生存时间长于另一位,则称之为预测结果与实际结果相符,称之为一致。

计算C-index=K/M。

从上述计算方法可以看出C-index在0.5-1之间(任意配对随机情况下一致与不一致刚好是0.5的概率)。0.5为完全不一致,说明该模型没有预测作用,1为完全一致,说明该模型预测结果与实际完全一致。一般情况下C-index在0.50-0.70为准确度较低:在0.71-0.90之间为准确度中等;而高于0.90则为高准确度,跟相关系数有点类似。

光从C-index一个数字上还是很难以衡量到底是准确度高还是低,所以人们就想着用一个统计学检验来说服证明这个高低,正如筛选基因差异是光看差异倍数来判断表达差异还过于武断,此时引入重抽样技术(Bootstrap)来检验预测模型的准确度。Bootstrap是非参数统计中一种重要的估计统计量方差进而进行区间估计的统计方法。

Bootstrap方法核心思想和基本步骤如下:

(1)采用重抽样技术从原始样本中抽取一定数量的样本,此过程允许重复抽样。

(2)根据抽出的样本计算给定的统计量T。

(3)重复上述N次(一般大于1000),得到N个统计量T。

(4)计算上述N个统计量T的样木方差,得到统计量的方差。

另如果数据集很大的话可以按照不同的比例将数据集拆分,一部分用于建模一部分用于验证。关于交叉验证(Cross-validation),如5-fold、10-fold等。

虽然看起来很复杂,但是事实上已经有人做了这些事情,在R中有包可以直接计算一致性指数:Hmisc 、compareC,两个包都可以计算c-index。

参考资料来源:https://shengxin.ren/article/104

作者:医科研
链接:https://www.jianshu.com/p/5e648f0f49ed
来源:简书

©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
  • 序言:七十年代末,一起剥皮案震惊了整个滨河市,随后出现的几起案子,更是在滨河造成了极大的恐慌,老刑警刘岩,带你破解...
    沈念sama阅读 204,921评论 6 478
  • 序言:滨河连续发生了三起死亡事件,死亡现场离奇诡异,居然都是意外死亡,警方通过查阅死者的电脑和手机,发现死者居然都...
    沈念sama阅读 87,635评论 2 381
  • 文/潘晓璐 我一进店门,熙熙楼的掌柜王于贵愁眉苦脸地迎上来,“玉大人,你说我怎么就摊上这事。” “怎么了?”我有些...
    开封第一讲书人阅读 151,393评论 0 338
  • 文/不坏的土叔 我叫张陵,是天一观的道长。 经常有香客问我,道长,这世上最难降的妖魔是什么? 我笑而不...
    开封第一讲书人阅读 54,836评论 1 277
  • 正文 为了忘掉前任,我火速办了婚礼,结果婚礼上,老公的妹妹穿的比我还像新娘。我一直安慰自己,他们只是感情好,可当我...
    茶点故事阅读 63,833评论 5 368
  • 文/花漫 我一把揭开白布。 她就那样静静地躺着,像睡着了一般。 火红的嫁衣衬着肌肤如雪。 梳的纹丝不乱的头发上,一...
    开封第一讲书人阅读 48,685评论 1 281
  • 那天,我揣着相机与录音,去河边找鬼。 笑死,一个胖子当着我的面吹牛,可吹牛的内容都是我干的。 我是一名探鬼主播,决...
    沈念sama阅读 38,043评论 3 399
  • 文/苍兰香墨 我猛地睁开眼,长吁一口气:“原来是场噩梦啊……” “哼!你这毒妇竟也来了?” 一声冷哼从身侧响起,我...
    开封第一讲书人阅读 36,694评论 0 258
  • 序言:老挝万荣一对情侣失踪,失踪者是张志新(化名)和其女友刘颖,没想到半个月后,有当地人在树林里发现了一具尸体,经...
    沈念sama阅读 42,671评论 1 300
  • 正文 独居荒郊野岭守林人离奇死亡,尸身上长有42处带血的脓包…… 初始之章·张勋 以下内容为张勋视角 年9月15日...
    茶点故事阅读 35,670评论 2 321
  • 正文 我和宋清朗相恋三年,在试婚纱的时候发现自己被绿了。 大学时的朋友给我发了我未婚夫和他白月光在一起吃饭的照片。...
    茶点故事阅读 37,779评论 1 332
  • 序言:一个原本活蹦乱跳的男人离奇死亡,死状恐怖,灵堂内的尸体忽然破棺而出,到底是诈尸还是另有隐情,我是刑警宁泽,带...
    沈念sama阅读 33,424评论 4 321
  • 正文 年R本政府宣布,位于F岛的核电站,受9级特大地震影响,放射性物质发生泄漏。R本人自食恶果不足惜,却给世界环境...
    茶点故事阅读 39,027评论 3 307
  • 文/蒙蒙 一、第九天 我趴在偏房一处隐蔽的房顶上张望。 院中可真热闹,春花似锦、人声如沸。这庄子的主人今日做“春日...
    开封第一讲书人阅读 29,984评论 0 19
  • 文/苍兰香墨 我抬头看了看天上的太阳。三九已至,却和暖如春,着一层夹袄步出监牢的瞬间,已是汗流浃背。 一阵脚步声响...
    开封第一讲书人阅读 31,214评论 1 260
  • 我被黑心中介骗来泰国打工, 没想到刚下飞机就差点儿被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留,地道东北人。 一个月前我还...
    沈念sama阅读 45,108评论 2 351
  • 正文 我出身青楼,却偏偏与公主长得像,于是被迫代替她去往敌国和亲。 传闻我的和亲对象是个残疾皇子,可洞房花烛夜当晚...
    茶点故事阅读 42,517评论 2 343

推荐阅读更多精彩内容