CPTAC
平台简介CPTAC（Clinical Proteomic Tumor Analysis Consortium）是由美国国家癌症研究所（NCI）资助建立的一个综合性数据库，旨在通过大规模、系统性分析肿瘤生物标记物，提高肿瘤诊断和治疗的精度，为癌症治疗提供有力支持。CPTAC 数据库包含基因组测序数据与蛋白组学数据，其中基因组数据包含总计 1300+不同类型肿瘤病人的 WGS、WES 和 RNA-seq 数据，可通过 GDC Data Portal 访问。蛋白组数据可通过 PDC（Proteomic Data Commons）访问，CPTAC 数据库用到的蛋白质定量技术主要是基于质谱的检测技术，包括 iTRAQ 和 TMT。此外，CPTAC 数据库还提供了生物样品的元数据和临床数据，例如病人的性别、年龄、癌症类型和临床治疗记录等。分析工具和生物信息学资源包括了一系列数据处理和分析工具等，使得 CPTAC 数据库成为肿瘤分子分析的重要数据来源参考信息 1 ( https://evvail.com/2022/03/16/2664.html )2 ( https://www.bilibili.com/read/cv25486306 )3 ( https://zhuanlan.zhihu.com/p/632110200 ).
LinkedOmics 下载数据（推荐）
LinkedOmics 网址：https://www.linkedomics.org/login.php ( https://www.linkedomics.org/login.php )
网站进去之后下拉，可以看见 TCGA 和 CPTAC 相关的数据，点击最右边的 Download 可以进入数据下载页面。但是这样有几个缺点
LinkedOmics 网站中 CPTAC 数据的下载链接/ ========= // BRCA /
https://www.linkedomics.org/data_download/CPTAC-BRCA//HS_CPTAC_BRCA_2018_CLI.tsi
https://www.linkedomics.org/data_download/CPTAC-BRCA//HS_CPTAC_BRCA_2018_CNA.cct
https://www.linkedomics.org/data_download/CPTAC-BRCA//HS_CPTAC_BRCA_2018_MUT_GENE.cbt
https://www.linkedomics.org/data_download/CPTAC-BRCA//HS_CPTAC_BRCA_2018_RNA_GENE.cct
