由于苍耳是我国广布的植物，又有长期的应用史，因此从古到今别名很多。《诗》中的卷耳是其最早的名称。我国最早的字书《尔雅》又把它释为苓耳。而《神农本草经》中又把卷耳叫作枲耳。这些名称大体与其果实的形状像古代妇女的一种耳饰有关。三国时吴人陆机的《诗草木 鸟兽虫鱼疏》中说它“生子正如妇人耳珰，幽州人把它叫作 爵耳”可资证明。在《神农本草经》里还提到两个别名，一个是胡枲，一个是地葵。前者似指此药材来自西部边缘地区，后者与其食用的味觉有关，因而跟葵菜相连。稍后的《名医别录》又增添了葹和常思两个别名。在南北朝的时候，药物学家陶弘景也说它是常思菜。这两个别名也与其供食用有关。陶弘景还给它添了一个羊负来的别名并解释说，之所以得这样一个名称，是因为原先中原地区没有此种植物。后来随羊从外地被带到中原地区，故得此名。至唐代《新修本草》才出现苍耳这个名称。当时孙思邈的《千金要方》和《千金翼方》，以及五代的《蜀本草》也用这个名称。