一:小分子数据库
来源：
小分子互作研究宝典：各大数据库总结 (sohu.com)
中药分析相关数据库教程 - 云生物 (yunbios.net)
一、STITCH
提供化合物与靶基因互作关系信息
网址：http://stitch.embl.de
数据库使用方式
STITCH网站的使用_哔哩哔哩 (゜-゜)つロ 干杯~-bilibili
研究药的都能能用上！这个数据库太实用，比想象中更牛！ - 知乎 (zhihu.com)
二、BindingDB
主要收集药物靶点蛋白质和类药小分子之间相互作用亲和力的数据库
Binding Database Home (bindingdb.org)
数据库使用方式
Binding database数据库是一个可公开访问的主要收集药物靶点蛋白质和类药小分子之间相互作用亲和力的数据类型包括Ki、IC50、Kd、EC50等 | 药研导航 (drugx.cn)
三、Pharmmapper
预测小分子生物活性的反向药效团匹配
PharmMapper (lilab-ecust.cn)
数据库使用方式
PharmMapper:一个药效团匹配与潜在识别靶标在线平台 | 小康学习 | 计算化学与分子模拟爱好者 (kangsgo.com)
PharmMapper:小分子药物预测作用靶点的在线平台 – sci666
药效团模型找靶点，让你的小分子找到回家的路 (sohu.com)
四、ChEMBL
ChEMBL Database (ebi.ac.uk)
药物化学数据库ChEMBL介绍 - 知乎 (zhihu.com)
五、DrugBank
http://lsp.nwu.edu.cn/tcmsp.php
Drugbank：最强大的综合性药物数据库，收藏 - 知乎 (zhihu.com)
六、TCMSP
TCMSP : Traditional Chinese Medicine Database and Analysis Platform. | TCMSP (tcmsp-e.com)
七、TTD
Therapeutic Target Database (TTD) (idrblab.net)
八,SEA数据库
Similarity Ensemble Approach
SEA数据库是完全基于化合物结构进行预测的数据库，所以相比较与其他基于文本挖掘的数据库，该数据库可能可以得到一些较为新颖的未报道过的化合物—蛋白关系对
二，自己动手丰衣足食之数据库
如何从ZINC数库（www.zinc15.docking.org）下载虚拟筛选化合物库 - 知乎 (zhihu.com)
1.BindingDB
这是一个公共收录实验测定的蛋白质-配体的结合亲 和力的数据库。
（1）实验测定的结合亲和力； （2）侧重测定候选药物靶点蛋白与小分子或 类药分子等配体的相互作用亲和力。目前含有620000 个蛋白—配体结合数据，5500个蛋白靶点，超过 270 000 个类药小分 子。。
2.PDTD
这是一个双功能数据库，包含 已确证药物靶点、潜在药 物靶点的结构和信息。 （1）侧重收录有 3D 结构的药物靶点；（2）整合了在线服务器 TarFisDock 通过分 子对接识别潜在的结合靶点。含有1 207 个条目，包含 841 个已确定或潜在的药物靶点的 PDB 蛋白晶体结构信息。
3.DrugBank
这是一个包含详细的药物数 据和相应药物靶点信息 的生物信息学和化学信 息学综合性数据库。（1）全面的药物的化学、药理和医药相关的 数据；（2）详细的药物靶点的序列、结构和通路信 息。1985 个 FDA 批准小分子药物，204 个FDA 批准生物药，93 个保健品，超过6 000 个实验药物和超过 4 331 个非冗 余靶点蛋白序列。
4.SuperTarget
一个分析药物—靶点相 互作用的网络资源，靶点 蛋白和相应药物一站式 数据仓库。 （1）提供药物适应症、药物副作用、代谢信 息和靶点蛋白质的通路和 GO 注释等 信息； （2）收录 3 万多条药物-靶点相互作用的信息。6 219 个靶点，195 770 个化合物，282个药物—靶点相关的通路，6532 个药 物—靶点相关的本体论，63 个细胞色素。
5.TDR
（1）丰富的与热带疾病的病原体相关的遗传 学和药理学数据； （2）使用权值算法来计算评估靶点的成药性。448 个靶点、968 个化合物和配体。
6.PHARMACOLOGY[5
一个包含批准药物和其 它小分子的生物靶点信 息的数据库。 （1）包含几个大的药物靶点家族的信息，方 便查询； （2）提供配体的理化性质、结构、生物活性 和临床状态等信息。2 485 个药物靶点，7 个靶点家族，6 064个配体。
7.HDAPD
提供疾病相关蛋白 各种资源的数据库。 （1）包含疾病相关蛋白的 X-ray、NMR 和电 镜结构； （2）靶点的细胞组成、蛋白质功能和生物过 程信息。395 个 疾 病 相 关 蛋 白 ， 256 个有X-ray/NMR 结构。
8.PharmGKB
包含遗传、基因组 学、分子和细胞表型数 据、药学基因组学研究临 床信息的知识库。 （1）包含心血管、肺、癌症等疾病、通路、 代谢等药动学和药物基因组学数据； （2）提供不同个体对药物的反应的遗传变异 数据。20000 个基因，3000 个疾病，2 500 个 药，53 条通路，470 个基因变异。
9.STITCH
检索已知的和预测的化 合物与蛋白质相互作用 关系的数据库。 （1）蛋白质—化合物的相互作用网络； （2）包含化合物结构、蛋白质序列等信息， 与BindingDB 和 PharmGKB 等数据库 建立了交叉链接。 来自 1 133 个机体的 300 000 个小分子 和 260 万个蛋白的相互作用数据。
10.TTD
基于已发表文献和 实验验证的专业的具有 治疗效用的药物靶点数 据库。 （1）收录了已成功药物靶点、临床靶点和研 究型靶点的数据，包含药物和靶点的临 床信息，定期更新。 （2）开发了靶点相似性搜索、药物相似性搜 索等工具。387 个成功靶点，723 个临床靶点和 1469 个研究型靶点；2 071 个已批准、9528 个临床试验和 17 803 个研究药物，20 278 个小分子。
