在万历皇帝登基之初，张居正以果断的决策解决高拱，保护了皇室颜面，使得他在年幼的万历以及两位太后心中有着中流砥柱之感，在小皇帝的眼中，他的身份无人与他平齐，在两位皇太后之后他所需要尊敬的人只有张居正，而“大伴”冯保就只相当于他皇家的总管。
张居正在内阁首辅执政时，此时的万历皇帝朱翊钧才年仅十岁，除了首辅之外，张居正还兼管万历的教育，就连讲章都是由张居正一手编纂，有时候还会在文华殿亲自讲授，对年幼的万历皇帝来说，功课要一丝不苟的完成，因为张先生会在第二天检查前一天讲述的经书和历史。如果认真掌握，张先生就会颂扬天子圣明，反之，张先生也会以严师的身份进行训导。这就是万历与张居正亦师亦臣的关系。
在年幼万历皇帝的眼中，张居正永远都是智慧的象征，包括在朝廷上下，张先生眉目轩朗，蓄着长须，袍服每天都像崭新的一样折痕分明。他像一位智者占据了万历皇帝的幼年岁月，而且在朝堂公务，张先生总能一语中的，揭出事情的要害，言辞简短明确，具有卓越的大局观，明朝万历年初，似乎所有的一切都在张先生的运筹帷幄中完美的运行。
不得不说，张居正对万历的教育足够一位明君的成长，万历皇帝书法进步极快，在一次与群臣的聚会上，万历皇帝的书法令众人称赞，而张居正在第二天就上奏皇帝，书法是末节小枝，圣明的君主以德行治理天下，艺术的精湛，对苍生并无益处。此后，万历的课业就取消了书法。张居正还就万历喜欢珠玉古玩上书“为人主者，应以天下衣食为重，珠玉古玩，饥不能食，寒不能衣，不足为君上多思”在整个万历的教育及人生格局的建立上，张居正可谓尽心尽责，隆庆皇帝托孤大臣的选择实在是绝妙的一笔。
在万历朝以前，内阁大学士为三到六人，几位大学生相互之间都为平等关系，而此时的张居正名为首辅，或称元辅，其他大学士的任命都出自他的推荐，万历皇帝明确规定了他们的职责是辅助元辅办事，内阁大学士从以前的多人主张，变成了张居正的一言堂。内阁的主次之分，造成了明朝日后更加错综复杂的朝臣局面。
万历即位后的第一个十年，是明朝自仁宣之治后欣欣向荣的十年，北方的“虏患”不在发生，东南的“倭患也平息了”这离不开张居正对李成梁和戚继光的大胆任用，又在大同，宣府，甘肃等地立茶马互市，使得大明北疆得到了长久稳定。而“太仓粟可支十年，周寺积金，至四百万，自正（正德）嘉（嘉靖）虚耗以后，至万历十年间，最为富庶”这无不归功于内阁首辅张居正。其“一条鞭法”考成政治，清查土地，统一赋税，不仅整顿了嘉靖以来混乱的吏治，还极大的促进了商品货币经济的发展，明朝资本主义的萌芽自此而生。
这些超出预计的成就，足以证明张居正卓越的政治才华，为后面万历三大征的胜利打下了坚实的基础，承平日久，国家府库日见充实，万历和两位皇太后称之“元辅先生”并不为过，而后的君臣之隙，朝臣之隙在这平静的表面下暗自起伏。
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