debug-conda下载multiqc时packages wheel conflict

python版本3.7，因项目需要，安装multiqc，结果报错，显示：

Package wheel conflicts for:
multiqc -> python=3.5 -> pip -> wheel
python=3.7 -> pip -> wheel
Package python_abi conflicts for:
python=3.7 -> pip -> setuptools -> python_abi=3.7[build=*_cp37m]
Package pip conflicts for:
python=3.7 -> pip
multiqc -> python=3.5 -> pip
Package certifi conflicts for:
python=3.7 -> pip -> setuptools -> certifi[version='>=2016.09|>=2016.9.26']
Package setuptools conflicts for:
multiqc -> setuptools
python=3.7 -> pip -> setuptools
Package ca-certificates conflicts for:
python=3.7 -> openssl[version='>=1.1.1a,<1.1.2a'] -> ca-certificates
multiqc -> python=3.5 -> ca-certificates

(py37)

google 了一下，找到的答案解释是：multiqc支持python3.5的环境，在python3.7环境中和一些包冲突，所以，解决办法就是用conda新建一个python3.5的环境。

当当当！此时需要回顾如何用anaconda创建环境：

1. 创建环境

# 使用conda创建1个自环境,并制定python版本为3.5
conda create -n py3test python=3.5

conda create -n rna
# 创建一个小环境名为rna

conda install python=2
# 安装python 2版本

# 以上两句话可以等同于一句命令：conda create -n rna python=2

2. 激活环境

在安装结束以后，怎么进入到我们的环境中呢？我们先来测试一下不进入py3test子环境之前python的位置以及版本，以及进入子环境以后python的位置及版本，在进入子环境以后，你会发现在你的终端最开头位置的括号内写着子环境的名字。

# 查看默认情况下（通常是主环境）的python位置
which python

# 查看python版本
python -V

# 激活进入py3test 子环境
conda activate py3test

# 再次查看的python位置
which python

# 再次查看python版本
python -V

在子环境里安装软件的方法，跟外部环境一样，没有任何区别，直接conda install就好！
同时，在子环境里安装的各种软件都不会影响外部环境，所以可以随便安~~ 随便giao～
退出子环境，回到默认的环境的命令也很简单。

3. 退出环境

# 退出子环境
conda deactivate

注意：不要把conda deactivate输入成conda deactivate py37,

conda deactivate不需要也不接受参数

因为只能停用活动环境，所以conda deactivate不需要也不接受参数。这里的错误信息非常明确，只需 conda deactivate

4. 查看小环境

conda info -e
conda info --envs
conda env list    # 都是来查看已经存在小环境名的

# 运行后如下：rna即为刚刚建立成功的小环境名
$ conda info -e
# conda environments:
#
base                  *  /home/you/miniconda2
rna                      /home/you/miniconda2/envs/rna

5.移除小环境

conda env remove --name bio-env # 删除小环境及里面的内容

6.新建python=3.5的环境，安装multiqc

6.1 新建环境

6.2激活环境

image.png

6.3安装multiqc

官网可查安装命令，

conda install -c bioconda multiqc

安装中

包更新

安装成功

用multiqc对指定文件夹下fastqc生成的结果进行统计：可参考

# multiqc [OPTIONS] <analysis directory>
# multiqc+路径+文件名（与通配符搭配使用）
multiqc -o ./test_multiqc_out ./test_fastq_QC_out/*_fastqc.zip

结果输出中

结果1

结果2

到这里我们解决了Multiqc在python3.7当中的包冲突问题，并且成功安装了Multiqc，处理了4条fastqc的zip文件，完成了结果输出啦！

题外话：因为conda安装得env solving blablabla比较慢，所以有开发人员基于conda开发了一个mamba包，mamba兼容conda的命令，感兴趣可以试试哦～

最后编辑于：2020.05.18 17:44:16