利用Verkko组装基因

Verkko是一款能够对HiFi和ONT数据进行混装的工具,是一款可以用于T2T组装的工具。

1 Verkko安装比较简单,利用conda可直接安装

conda install -c conda-forge -c bioconda -c defaults verkko

2 安装好之后就可以直接运行程序啦!

这里我测试了只用HiFi数据进行组装

nohup verkko -d verrkko/ --hifi HiF_reads.fastq.gz --no-nano --threads 80 --local-cpus 80 --local-memory 120

-d 结果输出目录

--hifi hifi reads位置

3 结果

最终会生成下面几个文件

组装结果为assembly.fasta文件

对组装结果进行统计,N50结果并不是很好,没有hifiasm组装效果好,耗时也比hifiasm长。

可能是没有加入ONT数据,导致组装结果不是太好。

©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
【社区内容提示】社区部分内容疑似由AI辅助生成,浏览时请结合常识与多方信息审慎甄别。
平台声明:文章内容(如有图片或视频亦包括在内)由作者上传并发布,文章内容仅代表作者本人观点,简书系信息发布平台,仅提供信息存储服务。

相关阅读更多精彩内容

友情链接更多精彩内容