在我们筛选到差异基因后，因为其数量过多难以下手，这个时候我们为了降维常常会进行蛋白质互作网络（PPI, Protein-Protein Interaction Networks）。
蛋白质互作网络（PPI, Protein-Protein Interaction Networks）是由蛋白通过彼此之间的相互作用构成，来参与生物信号传递、基因表达调节、能量和物质代谢及细胞周期调控等生命过程的各个环节。
下面我们进入PPI分析
首先进入String数据库(https://string-db.org/),Multiple Proteins by Names输入自己的差异基因，物种选择人(根据自己研究对象进行选择)。
屏幕截图 2023-11-24 195248.png
点search，随后进入界面
屏幕截图 2023-11-24 195414.png
点击countinue
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setting可以设置参数
其中minimum required interaction score:按照系统默认设置0.4，如果太多可以选择0.7
max number of interactors to show:
在STRING数据库中，"max number of interactors to show"（显示交互者的最大数量）是一个参数或设置，用于限制在交互式界面中显示相互作用的数量。STRING数据库是一个在线的数据库，用于预测蛋白质相互作用（PPI），它提供了大量生物分子相互作用数据。
这个参数可能是在某个特定查询或展示结果时设定的，用于控制界面上显示相互作用的数量。例如，在搜索结果页面或网络图形界面中，可能会限制最多显示多少个相互作用的蛋白质或基因，以避免界面过于拥挤和难以阅读。
这样的设置通常是在处理大量数据时进行筛选和精简的一种方式，以便用户可以更方便地查看和分析与特定主题或查询相关的相互作用。
在EXPORT可以选择输出文件
image.png
第一个可以下载图片
输入到cytoscape的文件一般选择第五个tsv文件。
下载完成后将tsv文件输入到cytoscape
image.png
在APPs中下载需要的插件--MCODE---cytoHUbba
进行分析即可
表达不清晰如有问题留言即可
