研一下(qq、vx、md中待做专门总结)

现在是2024.7.21
7.19从上海回家的,在长沙玩到今天,准备回常德。


又是到了7.23 现在在床上进行这个记录

延续之前(5.24整理的PDF)qq消息整理(从6.16开始到7.7)

1、tox21数据去预训练,图小狮视频,怎么把别人框架放到指定任务上(即对比别人模型时候怎么用的)
2、 预训练和微调代码
3、 Himol中motifs之间构建键,只能说没必要
4、 由于md中记录时候截图是通过电脑本身缓存记录的,所以自己也是尽量不要去删除缓存,这样会使得md中图片丢失
5、 一些学习传统CADD课程时候老师提到的需要注意的地方:比如说下载pdb、flast文件时候尽量英文文件夹,以及一些软件的使用等等
6、 框架复现套到自己的配体这也算是创新,看看之前实验室关于ERRα激动剂的文章,了解这个受体蛋白
7、 课题,师兄师姐说“设计”只要是涉及计算机的方法都算是设计,结构改造就是什么分子生成方法也都行,师兄虚拟筛选也算是一个工作
8、 分析每个人课题,zjw做环境毒性,lx、zml老师催着课题很明确,yql都要发文章了、代码什么的都跑好了,swx、sgb啥都会,yhb、lxm也是有一步步学习,自己在干嘛
9、 zjw想读博,我感觉自己可以抽时间跟带教谈一下,就是说读完研去湖南工作,或者说考医院药房的编制
10、 xjh发的文章看看,自己可以剽窃他的数据

7.8-7.23

  • DeepICL生成代码 主要是传入数据的形式不懂
  • pf师兄说是纯缝合代码?手表交通卡转移到手机上、导航手表不显示
  • 汪师姐的毕业论文及代码、须师兄文章、环境毒性预测的代码
  • 图神经网路KAN的文章
  • 如何用数据库收集数据(B站、网页、vx搜索)
  • vx搜索到ERR相关研究 主要是这个东西的研究背景
  • optuna这个库进行超参数优化(这个超参数优化过程不是很懂)
  • 知识图谱(AI in Graph公众号) | GSL的代码
  • ipad可以作为新电脑扩展屏

开拓进取vx号消息(5.15开始为准)

  • 基本是一些公众号文章 | 基本也是一些不是那么重要的
  • 自己记录的复现代码操作,如果只是想简单的复现,其实就是很简单,配置好python环境,下载好所需的包(可以官网指定安装torch),注意一些txt文件和yaml文件,其实一般发在好点期刊的文章其GitHub上的readme写的十分清楚,只是自己想要一步步搞懂其代码实现逻辑就得好好看

文件传输助手vx消息结合md中待做(以合并消息为准)

  • 6.12时候其实自己合并转发了认为重要的内容,后面都是一些自己觉得重要转发的公众号内容 => 自己7.7直接将公众号内容合并转发以及之前合并转发的内容
  • 7.23的合并转发内容为准(基本都是一些公众号文章)然后md待做就是数据收集2的md中的待做总结 => 只能说这么多公众号帖子肯定不能全部都看,只能挑着看
  • 自己可以留意下个道客文档中ERR反向激动剂设计的毕业论文、上学期看的文章(HOB、侯廷军组深度学习文章、一篇水溶性文章 注意DTI以及深度学习综述文章[研一上文章都在zotero里面]

safari网页介绍

  • 研究生建模大赛密码 苹果密码
  • reinvent4
  • 网上直接搜索“雌激素受体预测模型构建” 【已经调研过了】
  • 网上搜索特征提取
  • 怎么把linux配置的python环境直接打包移植
  • ICLR2024文章
  • 之前收藏的或者bindingbd、pubchem这些数据库数据的csdn帖子【利用代码获取】
  • 蛋白质靶标的小分子配体的收集(bindingbd)
  • mocular set representation learning | ATFPGT-muti
  • affinity score 亲和力
  • MTGL-ADMET 多任务学习
  • 科研通
  • geometric deep learning on molecular representation
  • umap 一种降维方式
  • huggingface 一个预训练模型的集合地方
  • 提高数据集质量(即如何提高须师兄数据)
  • 专利查询网站
  • 知识图谱 浙大&阿里团队提出基于功能提示的知识图谱分子对比学习
  • 利用python自带的.chm官方文档进行学习
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