网络药理学作为中医药研究领域的前沿和热点之一，主要建立在高通量组学数据分析、计算机虚拟计算及网络数据库检索基础上，围绕生物学、生物网络构建和分析、连接性、冗余性和多效性等进行药物有效性、毒性、代谢特性的揭示。开启了一种多靶标与多种疾病间复杂网状关系的新研究模式。
中药复方与网络药理学
中药复方由多味药组成，所含化学成分复杂、药理作用具有多靶点、多途径、多层次的特点，致使中药复方药理研究往往遇到中药物质基础不清、作用机制不明、研究基础与临床应用脱节等问题。而网络药理学讲究整体性、系统性、相互作用，所以网络药理学应用于中药复方就可以用来阐释中药作用机制、发现中药药效物质/活性组合物，为新药的发现与研究提供新思路。近年来，关于中医药网络药理学的SCI文章在药理学、生化与分子生物学、整合和补充医学等学科领域，相关发文量呈逐年递增趋势。
网络药理学的主要流程
利用在线TCMSP数据库获取中药复方或单味中药的化学成分，并对活性成分的药物靶点进行预测，并筛选出和疾病相关的靶点基因，进行KEGG和GO富集分析初步揭示中药复方/单味中药/的作用机制，然后我们还可以通过对疾病相关的靶点基因进行TF预测(转录因子)及TF敲除验证(基于该TF敲除后数据集的表达谱验证)。最后可以联合GEO/TCGA等数据库对筛选出的关键基因进行WGCNA，样本肿瘤免疫状态分析，预后模型构建等。
