最近需要做S.celevisiae数据集的相关操作，需要根据VEuPathDB数据库中酵母菌蛋白质的ID，获得其序列以及3D结构。
这里采用从UniProt数据库中获得其序列以及3D结构，因此，需要如下步骤：
将VEuPathDB中的id映射为UniProt中的ID
下载3D文件
1、ID映射
首先，进入UniProt官网，进入ID mapping功能界面
进入界面后，在From database下拉栏中选择VEuPathDB数据库，To database下拉栏中选择UniProtKB。
然后将需要转换的VEuPathDB数据库中的ID写到框中，点击MAP IDs，开始进行转换。
查询完成后，会显示结果completed
点击Completed，会进入到详情页面
- 如果要研究特定物种/器官中的蛋白质，需要选择
Popular organisms，我理解的是由于同一个蛋白质可能会出现在不同的物种/器官中，所以需要选择到特定场景中，以筛选蛋白质 - 如果只是查询，可以点击
Customize columns，选择需要在页面的详情表格中出现的数据 - 如果需要将数据下载下来，做进一步的分析，点击
Download
ID mapping
点击之后，会出现下载页面，可以调整Format，以此来选择下载文件的格式
- 默认是FASTA格式
-
但是如果需要额外的详细信息，比如序列，AlphaFold数据库中的3D结构名称，就需要选择Excel等格式
Download
在详情选择界面，如果点对号，相应的信息就会出现在下载的Excel文件中，比如我额外选择了Sequences -> Sequence以及External Resources -> 3D structure -> AlphaFoldDB。
选择完成后，点击下载，就可以下载映射完成后的文件。
可以看到，下载好的Excel文件中，就会出现我们感兴趣的内容
2、AlphaFold 3D结构下载
进入AlphaFold官网，在搜索栏输入上面下载的Excel文件中对应蛋白质的AlphaFoldDB中的ID(也就是Entry，UniProt数据库中的ID)，这里以第一个P32367为例。
搜索完成后，在Download中选择想要下载的文件格式，我选择的是PDB file
下载完成后，就可以得到P32367蛋白质的3D结构数据
另外，AlphaFold也提供了下载整个物种/器官中所有蛋白质3D结构的地方，点击download
在页面中选择需要下载的物种/器官数据集
比如我们所感兴趣的酵母菌蛋白质数据集就出现在这里
