用vcfR在RStudio-Server打开32G超大vcf文件

请务必设置verbose = T
不然干等着也不知道是在跑还是卡住了真的很难受
显示如下

Scanning file to determine attributes.
File attributes:
  meta lines: 507
  header_line: 508
  variant count: 12834673
  column count: 67
Meta line 507 read in.
All meta lines processed.
gt matrix initialized.
Character matrix gt created.
  Character matrix gt rows: 12834673
  Character matrix gt cols: 67
  skip: 0
  nrows: 12834673
  row_num: 0
Processed variant: 12834673
All variants processed
Warning message:
In check_keys(vcf) :
  The following INFO key occurred more than once: ##GATKCommandLine=<ID=ApplyVQSR
最后编辑于 ：
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