发简信
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生成netMHCpan输入文件
不能直接输入vcf真的很烦啊，氨基酸序列fasta太长了还会直接Segmentation Fault 过滤获得PASS的vcf 我只用了gatk...
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EGA(European Genome-Phenome Archive)数据申请下载2023-6-13更新 太大的数据还是放弃下载吧几个月过去，本来以为pyega3不行的话ascp肯定行结果43T下载下来17T，c4gh解码失败...
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合并fq.gz
多个lane的fq文件合并
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ascp下载安装报错处理太长不看版：需要的话conda就完事了，但sra说是用ascp也不会快了改glibc gcc后患无穷，一定要提前备份，我半个月后yum inst...
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SRA公共数据下载下载安装SRA Toolkit 网址：https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01.-Downloadin...
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用vcfR在RStudio-Server打开32G超大vcf文件
请务必设置verbose = T不然干等着也不知道是在跑还是卡住了真的很难受显示如下
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修改时间和命令行显示设置
root账号 在.bashrc里添加
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CentOS7服务器配置RStudio-Server并更改R版本本操作需要root权限 2023-6-14更新 需要添加的R路径变量有两个，建议用conda安装的R，我用R安不上Seurat，换成用conda...
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GATK4 BaseRecalibrator报错：Query asks for data past end of contig
报错代码 这其实就是说有一个read比对到contig上的时候末尾超出去了，那只要简单粗暴删掉这对reads就不会再报错啦~ 寻找报错行 将排序...