001 云霄飞车杀人事件
工藤新一因为帮助警察解决了一起密室杀人案件而被各大媒体争相报道，毛利小五郎看到后怒不可竭，觉得是新一才导致他的侦探事务所没有生意上门。小兰看到新一因为听到几个女生粉丝说很崇拜他而洋洋自得的样子，问他干嘛笑的像个傻子，新一觉得小兰生气了，小兰说只是因为新一导致父亲生意惨淡，新一嘲笑小五郎生意不好是因为小五郎技术问题！两人边走边聊，新一炫耀自己收到了很多读者的信，小兰劝他赶快把自己的女朋友确定下来，并相约放学后去游乐场。
游乐场里，步美他们为了逃票从小门进去了云霄飞车隧道里面。新一一直口若悬河的讲福尔摩斯，为了证明自己拉起一个陌生女人说她是个体超运动员，并说出了他的推理，又来了一对情侣，公然拥抱亲吻，原来他们还和那个陌生女人认识，小兰表示可以把位置让给他们，陌生女人却说不用了，又有两个两个黑子没有排队就直接坐上了最后一排的位置。
新一还在滔滔不绝的讲福尔摩斯，小兰听了心烦意乱的说本来很期待这次约会，可是新一却不懂她的心意。很快云霄飞车就出发了，可是通过隧道后，那对情侣中的男人的头已经不见了，鲜血横流，警察很快就赶到了，两个黑衣人一直不耐烦的催促说不关他们的事，让警察放他们走，知道新一就是那个名侦探的时候很是震惊。新一注意到陌生女人的项链不见了，加上在飞车上感受到的一滴眼泪，推理出凶手就是那个是体超运动员的陌生女人。陌生女人也承认是因为男人抛弃了她，她才会在第一次约会的地方，用男人送的项链杀了他！
案件就此结束，小兰一直沉溺在悲伤中，新一安慰了几句，突然看到飞车上那两个黑衣人中一个鬼鬼祟祟的样子，于是嘱咐小兰先回家，就跟了上去，小兰准备追上去可是鞋带突然断了，看着新一远去的背影，小兰有一种不安的感觉！新一专注于黑衣人和一个微胖男人的交易，没有察觉到另一个黑衣人的靠近，新一被打晕，并被灌下了“组织”新开发的毒药，新一便渐渐失去了知觉……
（新一迷迷糊糊听到两个警察说这里有个受伤的小孩，可能发生了案件！）
002 董事长千金绑架事件
被灌下药醒来的新一趁两个警察不注意跑了，跑了没多久就累的摔倒了，新一扶墙站了起来，感叹自己怎么体力不行了，当看到玻璃印出来的自己，新一吓一跳因为他变成了小学生模样。新一和邻居阿笠博士说了自己的遭遇，阿笠博士却不信，新一说了很多阿笠博士的小秘密，还推理出阿笠博士刚从哥伦布餐厅回来，摆出了新一的经典动作阿笠博士才相信。新一刚换上正好合身的小学时候的衣服小兰就因为担心找来了，阿笠博士告诫新一要是让黑衣人知道新一没有死，新一周围的人都要有生命危险，于是阿笠博士谎称新一是他朋友家的孩子要借宿他家，因为他是单身汉所以拜托小兰照顾，并劝新一说小五郎的侦探身份更容易获得情报，小兰问新一叫什么名字，新一情急之下瞥见书架上的书说自己叫江户川柯南。
柯南跟着小兰回家，小兰只当柯南是一个可以诉说秘密的弟弟，表明了自己对新一的心意，柯南听后决定像小兰表明身份，这时毛利小五郎匆匆忙忙跑下楼说终于有了委托，有钱人家的女儿被黑衣人绑架了，柯南一听黑衣人连忙跟着上了车。
小五郎像委托人打听事件的原委，管家告诉他黑衣人从院边的树上潜入的，委托人很生气的说绑架犯居然还要他交一亿的赎金，管家听后表示很惊讶，这一切都被柯南看在眼里，柯南一边踢球一边想案子，球滚在了看家狗巨无霸的身边，巨无霸看到柯南玩球表现的很亲呢，委托人感到惊奇，因为巨无霸从不跟外人亲近。柯南给了小五郎一系列的暗示，让他发现管家在说谎，因为巨无霸就在大树旁边外人不可能入侵，而且家政嫂表示没有听到狗叫，但是案件并没有结束，因为女儿被真正的绑架犯绑架了，柯南根据电话中小女孩说能看到烟囱的学校这一个信息点成功找到了小女孩的藏身之处，可是身体变小的新一，根本不是犯人的对手，犯人高举棒球棍砸向柯南……幸好，小兰赶到了，随后赶到的小五郎把功劳都归结自己身上，小女孩临走时称呼柯南为侦探先生，柯南笑着和小兰解释是指小五郎叔叔。柯南来了案子也来了，小五郎认为柯南是福星，答应收留他！
柯南以转学生的身份入学，又开始了小学生活！
