登录服务器
Windows系统推荐
注意putty和winscp安装时都使用默认目录，不要更改！！！
winscp登录sftp
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putty登录ssh
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苹果系统推荐
filezilla登录sftp
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终端登录ssh
ssh root@116.63.188.199 # @前面是登录的用户名，@后面是服务器的ip地址
#ssh -p 22 root@116.63.188.199
Linux目录结构
| 一级目录 | 功能（作用） |
|---|---|
| /bin/ | 存放系统命令，普通用户和 root 都可以执行。放在 /bin 下的命令在单用户模式下也可以执行 |
| /boot/ | 系统启动目录，保存与系统启动相关的文件，如内核文件和启动引导程序（grub）文件等 |
| /dev/ | 设备文件保存位置 |
| /etc/ | 配置文件保存位置。系统内所有采用默认安装方式（rpm 安装）的服务配置文件全部保存在此目录中，如用户信息、服务的启动脚本、常用服务的配置文件等 |
| /home/ | 普通用户的主目录（也称为家目录）。在创建用户时，每个用户要有一个默认登录和保存自己数据的位置，就是用户的主目录，所有普通用户的主目录是在 /home/ 下建立一个和用户名相同的目录。如用户 liming 的主目录就是 /home/liming |
| /lib/ | 系统调用的函数库保存位置 |
| /media/ | 挂载目录。系统建议用来挂载媒体设备，如软盘和光盘 |
| /mnt/ | 挂载目录。早期 Linux 中只有这一个挂载目录，并没有细分。系统建议这个目录用来挂载额外的设备，如 U 盘、移动硬盘和其他操作系统的分区 |
| /misc/ | 挂载目录。系统建议用来挂载 NFS 服务的共享目录。虽然系统准备了三个默认挂载目录 /media/、/mnt/、/misc/，但是到底在哪个目录中挂载什么设备可以由管理员自己决定。例如，笔者在接触 Linux 的时候，默认挂载目录只有 /mnt/，所以养成了在 /mnt/ 下建立不同目录挂载不同设备的习惯，如 /mnt/cdrom/ 挂载光盘、/mnt/usb/ 挂载 U 盘，都是可以的 |
| /opt/ | 第三方安装的软件保存位置。这个目录是放置和安装其他软件的位置，手工安装的源码包软件都可以安装到这个目录中。不过笔者还是习惯把软件放到 /usr/local/ 目录中，也就是说，/usr/local/ 目录也可以用来安装软件 |
| /root/ | root 的主目录。普通用户主目录在 /home/ 下，root 主目录直接在“/”下 |
| /sbin/ | 保存与系统环境设置相关的命令，只有 root 可以使用这些命令进行系统环境设置，但也有些命令可以允许普通用户查看 |
| /srv/ | 服务数据目录。一些系统服务启动之后，可以在这个目录中保存所需要的数据 |
| /tmp/ | 临时目录。系统存放临时文件的目录，在该目录下，所有用户都可以访问和写入。建议此目录中不能保存重要数据，最好每次开机都把该目录清空 |
FHS 针对根目录中包含的子目录仅限于表 1，但除此之外，Linux 系统根目录下通常还包含表 2 中的几个一级目录。
| 一级目录 | 功能（作用） |
|---|---|
| /lost+found/ | 当系统意外崩溃或意外关机时，产生的一些文件碎片会存放在这里。在系统启动的过程中，fsck 工具会检查这里，并修复已经损坏的文件系统。这个目录只在每个分区中出现，例如，/lost+found 就是根分区的备份恢复目录，/boot/lost+found 就是 /boot 分区的备份恢复目录 |
| /proc/ | 虚拟文件系统。该目录中的数据并不保存在硬盘上，而是保存到内存中。主要保存系统的内核、进程、外部设备状态和网络状态等。如 /proc/cpuinfo 是保存 CPU 信息的，/proc/devices 是保存设备驱动的列表的，/proc/filesystems 是保存文件系统列表的，/proc/net 是保存网络协议信息的...... |
| /sys/ | 虚拟文件系统。和 /proc/ 目录相似，该目录中的数据都保存在内存中，主要保存与内核相关的信息 |
特殊的目录符号
/ # 代表服务器的根目录
~ # 代表当前用户的家目录
. # 代表当前目录
.. # 代表上一级目录
root@ecs-7160:/#
#kinesin ~ 等于 /home/kinesin/
#root ~ 等于 /root/
Linux是多用户系统，每个用户有一个“家”目录，用于存放自己的文件和程序。
useradd -m kinesin
passwd kinesin
Linux命令语法
命令主体，执行参数，执行对象
ls --help
#用法：ls [选项]... [文件]...
ls -a
文件操作命令
查看目录命令：ls
ls
ls /
ls /home/kinesin
ls -l
ls -a
创建目录命令：mkdir
mkdir mydata
切换目录命令：cd
cd mydata
cd ~
cd /
cd /root/mydata
cd ~/mydata
网络下载命令：wget
wget -c https://cf.10xgenomics.com/samples/cell-exp/6.1.0/500_PBMC_3p_LT_Chromium_X/500_PBMC_3p_LT_Chromium_X_filtered_feature_bc_matrix.tar.gz
数据完整性校验：md5sum
md5sum 500_PBMC_3p_LT_Chromium_X_filtered_feature_bc_matrix.tar.gz
md5sum 500_PBMC_3p_LT_Chromium_X_filtered_feature_bc_matrix.tar.gz > 500pbmc.md5
md5sum -c 500pbmc.md5
echo "012fcc6d423a91fc2e305826391a4331 500_PBMC_3p_LT_Chromium_X_filtered_feature_bc_matrix.tar.gz" | md5sum -c
文件压缩与解压缩：tar, gzip/gunzip, zip/unzip
## tar
tar -xvzf 500_PBMC_3p_LT_Chromium_X_filtered_feature_bc_matrix.tar.gz
tar -cvzf 500pbmc_feature_bc_matrix.tar.gz filtered_feature_bc_matrix 500_PBMC_3p_LT_Chromium_X_filtered_feature_bc_matrix.tar.gz
## gzip/gunzip
guzip barcodes.tsv.gz
gzip barcodes.tsv
guzip barcodes.tsv.gz
## zip/unzip
zip barcodes.tsv.zip barcodes.tsv
unzip barcodes.tsv.zip
文件复制命令：cp
rm barcodes.tsv
mkdir test
rm test
rm -r test
文件删除命令：rm
rm barcodes.tsv
mkdir test
rm test
rm -r test
文件移动与重命名：mv
mv barcodes.tsv.zip filtered_feature_bc_matrix/
ls filtered_feature_bc_matrix/
mv filtered_feature_bc_matrix/barcodes.tsv.zip ./
ls
mv barcodes.tsv.zip barcodes.tsv1.zip
ls
系统命令
top # 查看cpu与内存动态
df -h # 查看硬盘空间
