多序列比对,进化树分析,motif预测,密码子偏好性分析(1)进行BopA蛋白序列下载，多序列比对及进化树分析后，这部分进行保守性和密码子偏好性分析。
背景：自噬是细胞的一种重要防御机制，对细菌来说，细胞通过消化降解它们可以达到限制其生长的目的。但是细菌也进化了一种抗宿主自噬机制的策略，避免自己的厄运。某些细菌可以直接与宿主自噬信号或自噬蛋白相互作用，以抑制自噬诱导的信号通路，利用毒性因子掩饰他们，以避免自噬识别，或对抗自噬启动或对抗自噬体成熟。BopA在细菌的防卫中可能起到重要作用，一些细菌甚至会积极利用自噬途径的成分来促进它们自身的复制或细胞内存活。
据报道，细菌可以通过使用它们的效应蛋白来模拟宿主自噬成分6的功能，从而逃脱自噬。目前，已经提出了两种理论来解释细菌病原体是如何获得它们的类似于生物的蛋白质的：趋同进化和水平基因转移（HGT）。在前者中，由病原体编码的基因通过随机突变和自然选择独立地进化出宿主成分的特征，在后者中，病原体通过水平基因转移获得宿主的遗传物质，然后选择增加病原体的适应性。也就是说一个是突变获得，一个是主动获取。
而BopA可以协助病原体躲避自噬。
第三部分 GC含量和密码子偏好性分析
BopA是水平基因转移获得还是趋同进化偶然获得？可以
- 先得到BopA基因的blast结果，其比对方式和前述蛋白基本一致。
- 计算各物种中BopA的GC含量与密码子偏好性
- 计算各物种全基因组中的GC含量
先安利一个网站
3.1计算GC百分含量
- burkholderia pseudomallei各菌株中GC百分含量可以查看这个网站，也可以把各菌株的全基因组sequence下载，再进行计算(image1)。
image1.png - 可以计算GC%的工具很多,有在线的工具(image2)，还有TBtools(image3)。
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总体结果是BopA基因中和整体基因组中的GC%含量基本一致，表明BopA基因来自于本身进化，而不是宿主水平基因转移。在前面第一部分分析也发现了，BopA的同源基因在真核生物并不存在。
3.2 密码子偏好性分析
第四部分 自噬相关的motif在BopA中的鉴别
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