生命的管理者——脑干
脑的三层结构中的最里层是脑干。脑干是从爬虫类的进化阶段形成的，它掌管着呼吸、循环、消化、生殖等基本的生命功能。我们在进食时，判断咀嚼的感触和味道的好坏，属于新皮质的管理范围，但是在食物经过喉咙的瞬间，就会落入脑干的管理范围。胃肠分泌胃液，小肠吸收营养，这都是脑干的作用。脑干是脑呼吸所关心的重要领域之一。
感情的王国——旧皮层
覆盖在脑干上部的旧皮质（大脑边缘系），是从哺乳类动物的进化阶段形成的，它管理着运动神经和多种感情反应。举例说，狗在遇到比自己力气大的动物时，会把尾巴放低，以表示胆怯；在表示高兴和亲密的时候它会摇尾巴。这种哺乳动物的情感反应出自旧皮质。正是由于哺乳类动物具有旧皮质，所以会有逃避和应战这种应对一般性危机的方式。历史记载了许多爬虫类动物，因没有这种反应机制遭受了灭顶之灾。因此，旧皮质这种反应机制在物种的进化过程中是非常有用的。因为有了畏惧，我们存活的机会大大增加了。
思考的根源——新皮质
覆盖于大脑外部的新皮质是以语言活动为基础，形成记忆、分析、综合、判断、创造等人类固有的智力活动。新皮质是随着灵长类的出现而形成的，但是发展成现在这样是更久以后的事情。新皮质与语言的使用有着紧密的关系。从进化的悠久历史看，被认为是永恒真理的思想和科学，也是由于新皮质活动的结果产生的。
在进化过程中，新皮质有着特别重要的意义，它具备了两个重要特性——“反省”和“创造”。有了新皮质，我们才会思考“我是谁”，反省自己，为满足自己内心的欲望进行“创造”活动。
