第二天学习内容

1.了解Linux

Linux跟Windows一样是一种电脑系统，适用于生信学习

2.设置Linux系统

• 打开系统设置中的开发人员模式（设置-更新和安全-开发者选项-打开开发人员模式）

• 进入控制面板-程序-启用或关闭Windows功能-点选适用于Linux的Windows子系统，然后重启电脑

  
  
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3. 进入Windows商城下载ubuntu

• 启动Ubuntu和用户设置

• 用户名和密码由英文、数字、下划线等组成，密码输入时不显示！

  
  
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• 更新
  输入 sudo apt update（需要密码确认）
• 升级
  完成后输入 sudo apt upgrade （Y/n 来确认升级）

sudo 代表管理员，apt相当于install（安装）

这个linux界面仅能用于学习linux基本操作，想要实战处理数据跑程序的话你的电脑配置不够，需要用到服务器。如果你所在单位有服务器，可以直接申请账号。如果没有可以去阿里云官网看看。远程登录服务器需要下载一个免安装软件putty，需要ip地址和用户名就可以登录了。

4.云服务器上的Linux

学习小组发放一周使用权限的账号，仅供学习使用

• Windows用户需先下载xshell软件登录服务器，操作流程https://www.jianshu.com/p/8a340b103a41

之前推荐的登录服务器的软件是putty，ftp文件传输的软件是filezilla。这两个软件是免费的，也挺好用的。现在重启，我开始用xshell了，二合一呀。应该是比他们加起来都要强大。曾经跟一个生信专业的硕士吐槽过一句：“他连filezilla是个软件都不知道，也不去查，直接问”。她不关心我说的话，反问我一句：filezilla是干嘛的！！！！我说你不用ftp传输吗？她回答我，xshell和xftp就可以了。。。filezilla总是出现更新提示，但它也更新不出什么东西，很烦，我也懒得设置。
查了一下，xshell和xftp很用，且面向个人免费。mac直接用terminal命令行即可，command+空格，搜索terminal即可找到，不用xshell。

• 可以通过学习小组提供的网盘下载相关软件，百度网盘：https://pan.baidu.com/s/1upnRTXwkI0hvxuuA2Gm49w
  提取码: cnrv
• 下载好软件后准备登录Linux
  登录对新手来说并不容易
  如果出现服务器提示permission denied，就要从用户名、IP地址、密码、网络四个方面检查
  -顺利登录后开始学习命令行

-- 小白贴士
目录：就是我们平时说的文件夹
路径：就是目录的层级位置，比如，home目录下有个biosoft，那么biosoft的路径就是/home/biosoft【就相当于你的C盘底下有个biosoft文件夹】

下面是常用的一些命令行，熟记并数量掌握，使用频率较高！！！

• pwd print working directory 显示当前路径
• mkdir make directory 创建空目录 命令与目录之间要有空格

mkdir biosoft #存放生信软件
mkdir project #存放生信项目
mkdir tmp #存放一些杂七杂八
mkdir src #存放源代码 #后面是注释，就是解释代码的文字
问题：#后面这些解释文字有什么意义？是通过什么命令可以查看么？

• ls 显示列表（就是显示当前路径下所有的目录和文件）
• rm 删除指令，包括3种形式：
  rm+空格+文件名 =删除文件
  rmdir+空格+路径名 =删除空目录
  rm+空格+-r+路径名 =删除非空目录（注意：rm -r 路径名 三组内容之间都有空格，尤其是-r前要有空格）

注意这三个命令后面都要跟上你要删除的目录名。
另外，第三个命令可以改进，就是有点危险，曾有新闻，程序员（当然是权限比较高的那种）不慎用了这个命令，直接导致公司破产，因为公司服务器被清空了啥都没了！！！
这个可怕的命令就是rm-rf（别手欠要试试啊）
-r 递归，多级目录一并删除
-f 强制删除，不用任何提示
所以如果rm -rf后面不加目录名，就死定了，删除你服务器的所有东西。

• cd cd+目录名 =打开此目录，cd空格- =返回刚才的目录，等于返回键 ，，，， cd或者cd空格 ~=返回主目录
• touch 正儿八经的新建文件命令，但vi可以新建并打开编辑
  练习1：在主目录新建目录 tep路径，显示tep路径，然后在tep里新建路径rm_test，显示rm_test路径，然后新建doodle.txt文件，再新建目录huahua，在目录下新建文件haha.txt,
  
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  练习2删除操作
  删除doodle.txt、、删除整个huahua目录、、删除rm_test(已经是空目录了)
  
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• vi 新建脚本或者文本文档（vi是linux中的文本编辑器）
  vi+文件名后会进入文本编辑器，首先要确保输入法是英文，然后按i键，才能开始编辑。编辑完成后按ESC键，退出编辑模式，然后输入位置变成左下角，输入：x，的意义是保存并退出
• cat+文本文件名是显示查看并直接将文本文件的内容输出到屏幕。要退出cat，是摁一下q。否则下面的命令都没办法运行（遇到过按q也退不出去的情况，进过尝试发现输入：q能退出或者干脆关了重进）

关于vi和cat，问的人比较多，我录了一个短视频给大家：先看再练吧~https://mp.weixin.qq.com/s/d9EjJpp3XoW3Sp3pIrEh5g

• cp是复制文件的意思，cp空格file1空格file2=将file1文件复制并命名为file2
• mv mv空格file1空格file2=将file1重命名为file2，mv空格file1空格路径名=将file1移动到此路径下。
  练习3
  在tmp路径下新建文件hello_world.txt，并在此文本文件内输入一些内容，再退出后在屏幕内显示此文本内容，显示前2行，显示最后3行，将此文件复制一个叫做new_file.txt的文件，将此文件再重命名为home.txt，并移动到主目录下

主目录路径为-------/home/用户名

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还有，自己搜索一下“linux自动补全”，你会get新技能

如果觉得难度较大，剩下的全都跳过。今天的学习到此为止，把笔记交上。
如果大家感觉对linux想知根知底，推荐马哥Linux视频课程，课程比较长，建议1.25倍速，豆豆当时是花了一个星期的时间，一天学10小时才学完；时间比较紧张的话，也可以在简书/网页上找一些关于linux的讲解，用到什么搜什么即可！

马哥linux教程全套视频，在bilibili可以直接找到。
推荐一个网址：(http://man.linuxde.net）

解决以下几个问题

ls输出的是横向的列表，怎样输出长格式列表（提示：搜索ls）

如何查看长格式列表中文件的大小？（提示：ls）

查看Linux系统版本、内存与硬盘空间？（提示：分别是三个命令）

怎样建立类似/tmp/tmp1/tmp1.1 这样的层级目录（提示：搜索mkdir）

怎样删除这些层级目录（提示：搜索rm）

要熟练记住并会使用以上命令行
1.pwd
2.mkdir
3.ls
4.rm、rmdir、rm -r
5.cd、cd -、cd ~、cd ..
6.vi（英文输入、i键开始编辑、Esc完成+左下角输入：x保存并退出）
7.cat、head -n 数 文本、tail -n 数 文本
8.cp
9.mv
10.touch
11.主目录路径 /home/用户名
12.tab键补齐功能，在命令行输入开头正确的路径名或文件名，单击tab键可以自动补齐，双击则会显示所有相同开头的名字