蛋白质-蛋白质 分子对接
我们可以通过分子对接，docking，技术对蛋白质四级结构进行预测。
分子对接会尝试所有可能的结合形式，并根据打分函数给每种形式打分排名。（能量越低越稳定）
对接过程会考虑如下因素：
- 形状互补
- 亲疏水性
- 表面电荷分布
一共有两种蛋白质-蛋白质分子对接方式：
rigid docking 刚性对接：目前可用的大多数软件为刚性对接。
flexible docking 柔性对接（蛋白质真实状态）：计算量大，可用软件少，且多为收费。
使用zock 进行分子对接
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需要学校邮箱（但好像有的学校不在名单中无法使用）
http://zdock.umassmed.edu/ -
可以进一步选择
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大约30min
PDBePISA 进行蛋白对接分析
可以对分子对接比较后的结果进行分析。
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可以在interface 界面下查看相关的信息
自动能结果小于零才有意义
interfacing residues 界面记录了所有参与相互作用的残基
蛋白质小分子对接
- 刚性对接：小分子总是柔性的，蛋白质上结合小分子的部位被认为是刚性的。
- 柔性对接：小分子总是柔性的，蛋白质上结合小分子的部位被认为是刚性的。
使用autodock和MGLtools进行小分子对接
http://autodock.scripps.edu/
autodock 并没有设计图形化界面（貌似mac 是的），因此需要我们下载相关的软件，手动移动到工作目录后用命令行打开。（还需要python2 的开发环境）
相关安装可以参见
http://autodock.scripps.edu/downloads/autodock-registration/autodock-4-2-download-page
接着安装mgltools
http://mgltools.scripps.edu/downloads
记得选择匹配自己cpu型号的安装包（intel）
mac 需要配备xcode 11才可以打开！
准备好ligand 与protein 文件
打开autodock 后，首先载入ligand 文件。
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为ligand 添加氢键和电荷。
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选中对接的配体
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找出配体中心
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找出可旋转键
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导出为pdbqt 文件，配体就设置完成了。
同配体一样，预处理（氢、电荷）
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将蛋白质设定为对接蛋白质
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设置对接参数
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box 的设定可以参考该蛋白质和其他已发表文章中的小分子对接的位置。
导出gpf 文件。
使用autodock4
打开终端，进入导出的gpf 文件目录下。
$ autogrid4 -p test.gpf -l test.glg
继续回到autodock 界面。在docking 栏目下选择rigid 文件，即之前保存的蛋白的pdbqt 文件。
接着在ligend 栏目里选择open，打开配体的pdbqt文件。并接受默认参数设定。
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一共有第三个算得快，但第一个算得更精准（耗时也长一些）。
再选择docking parameter，接受默认选项。
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输出docking 文件
再回到终端，开始对接
$ autodock4 -p test.dpf -l test.dlg
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删除之前载入的内容，导入对接结果(dlg文件)，和蛋白质文件。
导入后的初始内容，为对接前的结果。
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这个工具条可以将结果根据能量由低到高显示出来。
点击play 可以看到前50个对接的结果。(按顺序第一个则比对最好，排名最高)
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可以看到对接结果能量都是小于0的
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查看小分子和蛋白相互作用的细节。可以看到蛋白质与小分子产生氢键的位置。
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只保留排名最高的比对结果。并保存结果。
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将文件信息合并到原蛋白pdb文件，形成小分子-蛋白复合物的pdb 文件。接着可以用vmd 等软件做进一步处理。
