《最后的武士》发生在1876至1877年间，日本国内武士阶层暴动的时期。武士在日本曾是特权阶级，但是随着武士阶层的落寞，大多数人开始从商，而后的美国打开日本国门后，武士阶层的地位更是一落再落。
这时，美国的一个上尉纳森·阿尔格兰被请来为日本天皇训练一支现代武器的军队，甚至天皇还想借此来铲除武士叛军。纳森开始训练新兵，同时他也在训练期间关注着武士的知识。但是很快武士阶层就发动攻击，纳森被强迫带上新军参战，政府虽然有枪炮，但面对武士的凶狠，新军们没有阵型，没发去战斗。而纳森也被武士阶层给掳走。
被掳走的纳森没有被里面的首领里面杀死，而是被人照顾着。渐渐地，纳森对里面的武士开始产生兴趣，他穿着和服，学习着剑道。但不幸的是，这个武士的村子被人袭击了，而这时东京也传来消息：武士们被天皇允许安全返回东京。纳森追随着武士来到东京后，发现这里的武士并不是想叛变，只是希望日本在发展的时候有着自己的武士精神，而不是一味的追求现代化机械武器。
这些回到东京的武士也被东京的各种制度束缚着，纳森救出了被关着的武士，甚至成为了武士的一份子回到之前和日本天皇对着干的局面，他们不可避免地展开了战争，武士与现代的兵器，结局显而易见，武士们在战争中被牺牲，天皇面对武士的死去，也开始反省自己的所为，他开始明白武士的精神不能被舍弃。
在不断进步的时代中，变革是必不可少的，我们通过内外环境对内部进行调整、改进、革新。除旧是革新必须经过的一步，剧情中的武士道本是社会的特权阶层，但是工业的进步，让现代化的兵器对武士道进行冲击，使得武士道被天皇给忽视。变革可是在原有的基础上进行革新，这样的变革受到的压力也会变小，更容易实施。还有的就是在根本的性质上进行改变，就像武士道被天皇给摒弃，采取现代化军队。虽然最后他幡然醒悟，但是变革最重要的是需要领导者在实行计划时对出现的障碍以及阻力有清晰的认识，天皇面对武士道，一味地去抑制，这说明他对于变革采取的方式是极端的，他不是在原有的基础上进行变革的。
但是日本的变革归根到底就是西方科技与文明对日本的冲击，日本开展明治维新，过去时代的那些古板的东西已经无法满足现代的需求。日本缺乏新的战略与适应性的措施，他们缺乏新的管理方法与科技技术，这是他们展开变革的一大因素。而明治维新后，日本的实力逐渐强大，使得日本对原有基础产生不满，他们的野心开始庞大，希望可以通过武器改进自身的局面，这是一种竞争心理，而这更是他们进行变革的又一推力。维新派的强硬更是让天皇束手无策，新的阶级的产生使得天皇抛弃了武士，是天皇在管理方面对变革的另一种迫切需要。虽说如此，但武士的精神却还是留存着，保留着原有的文化传统。
