三年（公元60年）
1、
春，二月九日，太尉赵熹、司徒李䜣免职。二月十一日，任命左冯翊郭丹为司徒，十四日，任命南阳太守虞延为太尉。
2、
二月十九日，立贵人马氏为皇后，皇子刘炟（da）为太子。
皇后是马援之女，光武帝时选入太子宫，能奉承阴太后，和同辈相处和睦，礼数周到，上上下下都喜欢她，所以得到宠幸，到刘庄即位，为贵人。当时，马贵人的异母姐姐的女儿，也被选入太子宫，生下皇子刘炟。刘庄因为皇后无子，下令将刘炟交给皇后抚养，说：“人未必自己一定会生儿子，只要爱护养育到位就可以了。”皇后于是尽心抚育，辛劳憔悴，付出还超过对自己亲生的。太子也孝性淳笃，母子慈爱，没有丝毫嫌隙。皇后因为皇子不多，把身边女子都推荐给皇上，唯恐不够。后宫有得到皇上临幸的，她就接见慰问，如果有人被皇上数次召宠，她就加以隆重的礼遇。
到了有司奏立皇后，皇帝还没说话，皇太后就说：“马贵人德冠后宫，就是她了！”马皇后于是正位宫闱，而愈加谦逊肃静，好读书，市场穿着宽大的丝绸衣服，裙子也不加边。每月初一、十五，诸姬妾、公主朝请进见的时候，看见皇后袍衣粗疏，以为是特制有皱纹丝绸，走近一看，都笑。皇后说：“这种丝料特别适合染色，所以用它罢了。”群臣奏事，有难以决定的，皇帝数次用来试探皇后的才智，皇后则分解分析，无不合情合理，但是，从来不为自己家族干预政事。皇帝由此对他更加宠敬，至始至终都没有衰减。
3、
皇帝思念中兴功臣，于是图画二十八将于南宫云台，以邓禹为首，其下依次是马成、吴汉、王梁、贾复、陈俊、耿弇、杜茂、寇恂、傅俊、岑彭、坚镡（tan）、冯异、王霸、朱祜、任光、祭遵、李忠、景丹、万修、盖延、邳（pi）彤、铫（yao）期、刘植、耿纯、臧宫、马武、刘隆，又加上王常、李通、窦融、卓茂，一共三十二人。马援因为是皇后之父，唯独他不在这些人里面。
4、
夏，四月十七日，封皇子刘建为千乘王，刘羡为广平王。
5、
六月二十四日，天船星北出现孛星。
6、
皇帝大兴土木，修建北宫。当时天旱，上书仆射、会稽人钟离意，前往宫门，脱下帽子，上疏说：“当年成汤遭旱，以六件事自责说：‘是施政不恰当吗？是役使人民太过吗？是宫室营建太多吗？是女宠、宦官干预政治吗？是贿赂盛行吗？是进谗言的小人太多吗？’我看见北宫大兴土木，而人民失去农时。自古不担心宫室狭小，只患人民不得安宁，希望立即停止，以应天心！”皇帝下诏回复说：“成汤所说的六件事，罪都在一个人。你赶紧戴回帽子穿上鞋，不用谢罪！”又下令将作大匠停止建筑工程，并减少其他不必要的开支。下诏给公卿百僚，承认自己错误。上天即时降雨。
钟离意举荐全椒县令刘平，皇上下诏，拜刘平为议郎。刘平在全椒，政有恩惠，人民有的增报财产，就为了多交赋税；或者少报年龄，希望为政府差役。刺史、太守下来巡查，发现监狱里空空的都没有囚犯，人人自得其所。刺史、太守无事可问，只好宣读诏书而去。
皇帝的性格，喜欢听人打小报告，以耳目洞察别人的隐私为明察秋毫。公卿大臣们多次被诋毁，近臣尚书以下甚至被他殴打。经常因事迁怒于郎官药崧，用手杖来撞击他。有一次，药崧被打得躲到床下。皇帝暴怒，大声呵斥：“你给我出来！”药崧在床底下说：“天子穆穆，诸侯皇皇，未闻人君，自起撞郎。”皇帝才赦免他。（药崧引用礼记的话，穆穆、皇皇，都是容貌进退美盛之状，哪有皇帝殴打郎官的呢？毫无体统。）
当时朝中大臣无不惊惧，争相比赛苛刻，以躲避诛责，唯独钟离意敢于谏争，数次将皇上诏书封还，拒不受诏。其他大臣有过失，他就出手解救。赶上接连有天变，就上疏说：“陛下敬畏鬼神，忧虑体恤百姓，但是天气未能和顺，寒暑反常，究其原因，在于群臣不能宣化朝廷的恩德，不能坚守自己的职责，而已苛刻为风气，百官之间没有相亲之心，官吏百姓之间没有祥和之风，以至于冲撞天地和气，以致天灾。百姓可以德胜，难以力服。《诗经鹿鸣》总是讴歌宴乐之事，就是认为人神之心和洽，则天气和顺。希望陛下垂圣听，缓刑罚，顺时气以调阴阳。”皇帝虽然不能采纳他的建议，但是知道他一片至诚，所以始终对他加以厚爱。
王夫之曰：
明帝英敏有余，而底蕴不足。
张居正曰：
自古君德，贵在明，不在察。明，如日月在天，普照万物；察，如持着火把照物，费了很多力气，却始终有照不到的阴影。但是人主自恃聪明，必流于察。人主喜欢苛察，则必然急切。上面的人越急切，下面的人就越欺骗。人人不知所措，就上下相互欺骗蒙蔽。又或者，乐于宽大之名，悠游姑息，以至于长恶容奸，废时失事，那也不是明。古话说：“宽猛相济，政是以和。”只有真正的明君，才能掌握这个尺度。
