伊森在接收最新任务时遭到神秘组织“辛迪加”暗算，被抓到辛迪加大本营。辛迪加是一支由前特工组织组成的秘密组织，其组织领导人莱恩曾经为英国特工组织军情六处工作过。
在组织成员神秘美女伊莎的帮助下，伊森得以从辛迪加逃脱。伊莎是军情六处的卧底特工，被军情六处所要挟。
伊森发现辛迪加准备对奥地利总理动手，于是伊森找到自己IMF老成员班吉前来帮忙。伊森杀死一个准备刺杀总理的辛迪加杀手，再次遇见神秘美女伊莎。伊莎给伊森留下了找到她的线索。
伊森还是决定找到伊莎，一是要通过伊莎了解辛迪加，再有就是毁灭辛迪加。辛迪加头子莱恩有自己的目的。辛迪加老大莱恩给伊莎布置了任务，要求伊莎利用伊森得到红盒子，是有关英国政府秘密的资料。伊森找到伊莎，冒着生命危险得到了红盒子。
终极大决战，伊森再次来到辛迪加总部，并找到莱恩，伊森逮捕了莱恩。故事暂时结束。
