用bowtie2做比对
先是出现报错
error while loading shared libraries: libtbb.so.2: cannot open shared object file: No such file or directory
(ERR): Description of arguments failed!
然后找到这个解决办法
https://blog.csdn.net/u012110870/article/details/115166861
先改软链接
ln -s libtbb.so.12 libtbb.so.2
然后出现了另一个报错
error: /home/data/vip9t07/miniconda3/envs/atac/bin/bowtie2-align-s: undefined symbol: _ZN3tbb10interface58internal9task_base7destroyERNS_4taskE
后来发现连bowtie2的帮助文档都调不出来
百思不得其解
潜意识觉得conda下载的应该都没问题
但是Jimmy老师说得好啊
一巴掌打醒了
image.png
然后卸载重装
啊对了，卸载的时候记得用--force，不然会把bowtie2依赖的包一起删掉，非常非常非常耗时。
然后老实下载安装包，用非conda方式安装
unzip bowtie2-2.4.2-linux-x86_64.zip
#后面发现smtools也有问题所以一并卸载了重新装
tar jxvf samtools-1.12.tar.bz2
#bowtie2配置，参考Y叔https://www.jianshu.com/p/7e8b1e743e3d
vim ~/.bashrc
#在最后一行添加
export PATH="$PATH:/home/data/vip9t07/biosoft/bowtie2/bowtie2-2.4.2-linux-x86_64"
#samtools配置，参考官网http://www.htslib.org/download/
cd samtools-1.12/
./configure --prefix=/home/data/vip9t07/biosoft/samtools/samtools-1.12
make
make install
vim ~/.bashrc
#在最后一行添加
export PATH="$PATH:/home/data/vip9t07/biosoft/samtools/samtools-1.12"
#退出后
source ~/.bashrc
