公元238年，司马懿奉魏明帝曹叡之令，率军平辽。8月攻破襄平城，入城后，司马懿屠十五岁以上男子七千多人，收集尸体，筑造京观。把公孙渊所任公卿以下一律斩首，杀死将军毕盛等二千多人。收编百姓四万户。这场屠杀，宣告了辽东公孙氏的灭亡。
在干了这件可以称得上十分凶残的大屠杀后，司马懿释放了当年被公孙渊篡夺官位的公孙恭。公孙恭何许人也？《三国志·魏书》中将他描述为“恭病阴消为阉人，劣弱不能治国”。这个评价在古代算是差到极点，这般货色放了也就放了，还能混个好名声。
司马懿又为被公孙渊迫害的纶直等人修了坟墓，表彰他们的后代。下令说：“古代讨伐一个国家，仅杀其中顽固凶恶的人而已。各位被公孙渊所连累的人，全部宽恕。中原人愿意返回故乡的，各随己愿。”
这两件事，表面上是司马懿为了弥补攻破襄平后屠城之举的洗白之举，但真相真的如此简单吗？
司马懿心有沟壑，政治手段高超。公孙渊被灭后，魏明帝曹叡也许出于政治平衡考虑，委派曹爽一派的将领毋丘俭成为辽东地区的留守将领（毋丘俭在236年奉超也曾率兵攻打过公孙渊，不过被公孙渊击败）。司马懿先是屠城，接着动员辽东百姓大规模内迁，两个连招就让辽东缺乏可御敌之兵，想致毋丘俭于死地，削弱曹爽势力。
果然司马懿走后没几个月，高句丽就数次试探性进犯辽东。据《三国志·东夷传》记载，正始三年（242年）高句丽进犯辽东郡西安平。毋丘俭只有步骑万人可用，但他主动出击。将号称有二万人的高句丽军诛灭一万八千余人。正始六年（245年），毌丘俭再次出征高句丽，甚至把东汉初年被放弃的临屯郡故地再次纳入版图，高句丽的东川王在逃亡中抑郁死去。
毌丘俭东征，是中原王朝对东北地区有史以来最远的一次征讨，曹魏势力范围扩充到了今天的俄罗斯滨海地区，打的东北强国高句丽差点灭亡。不过这都是后话了，这个结果司马懿再厉害也无法预料到。
若干年后，司马师废帝，毌丘俭感念昔日魏明帝之恩，为曹魏政权做拼死一搏，于正元二年（255年）发动兵变，即后人所谓“淮南三叛”（王淩、毌丘俭、诸葛诞）之一，可惜因准备不足，兵败身亡。
司马懿平辽的影响：
从公孙度于东汉中平六年（189年）被董卓任命为辽东太守开始，其后下传予长子公孙康、次子公孙恭，到最后孙公孙渊被杀，辽东政权在50多余年岁月里东伐高句丽、西击鸟丸。如今这个东北地区最强大的地方割据政权都被消灭，可以说，曹魏已经名震东北亚。
日本的邪马台国积极向曹魏靠拢，卑弥呼女王曾多次谴使至魏国结好。魏国册封卑弥呼女王为亲魏倭王，假金印紫绶。卑弥呼死后邪马台国发生內乱，结果要由魏廷裁决谁能继承王位，可见魏国的影响力之大。
魏国历年来赠送给邪马台国的若干枚铜镜，现在日本各地也发掘出不少，比方1994年在京都北部大田南古坟群五号坟出土的青龙三年铭方格规矩四神镜。
平定辽东让司马懿在魏朝的声望达至顶峰，曹芳称其：“南擒孟达，西破蜀虏，东灭公孙渊，功盖海內”，并迁为太傅。
司马懿平辽东也成为晋室夸耀先祖功业的事件之一。《晋书．乐志下》就收录了《征辽东》：征辽东，敌失据，威灵迈日域。公孙既授首，群逆破胆，咸震怖。朔北响应，海表景附。武功赫赫，德云布。
魏国平定辽东后，开始大规模将辽地居民迁徙至中原，导致西晋时期辽东五郡人口大幅下下降。这也将成西晋后来对边关失去控制的因素之一。
