一方面营养丰富或具有高生物活性的土壤生产营养密集的粮食作物的可能机制是土壤有机质增加了可用的微量元素，由于阳离子/阴离子平衡的改善而增加了吸收，或者通过增强生物活性增加了植物对营养素的可用性。
另一方面遗传、环境和管理对植物次生化合物的影响。植物次生化合物（简称PSC）可以对植物自身有防御功能（举个栗子，桉树的化感作用，桉树会分泌一种化学物质，使周边其他植物无法生长，只适合桉树生长），吸引授粉者和种子散播者、帮助植物从伤害中恢复、保护植物免受紫外线伤害等，以及保护植物免受害虫、疾病和病原体的侵害。
