基因组注释这个东西攻略是五花八门，有些地方其实写错了，作者还以为很对，为什么呢，因为EVIDENCEModerler经常在错误的输入文件下也能跑，只是你不知道罢了。

今天带大家顺一下EvidenceModerer正规的流程：

前期准备：

1. 至少三个从头预测软件，对基因组进行基因预测 GlimmerHMM, SNAP, Augustus, GeneMarkHMM, and FGeneSH.

2. 同源预测

3. 转录组预测 PASA 或者StringTie

这时候注意了，EvidenceModerler接受两种GFF格式，GFF格式有两种！如果搞错了输入格式，相当于这部分没读入系统，没有用上这部分信息！

第一种GFF 被称为基因结构GFF

Gene Structure

第二种GFF 被称为比对GFF

Alignment

同源预测和转录组比对GFF各自一个不用动，其他的凡是基因结构注释的通过cat合并到一起。

然后是权重文件示例：

ABINITIO_PREDICTION augustus 1
ABINITIO_PREDICTION twinscan 1
ABINITIO_PREDICTION glimmerHMM 1
PROTEIN spliced_protein_alignments 1
PROTEIN genewise_protein_alignments 2
TRANSCRIPT spliced_transcript_alignments 1
TRANSCRIPT PASA_transcript_assemblies 10
OTHER_PREDICTION PASA_transdecoder 5

最基本的要求： weight(pasa) >> weight (protein) >= weight(prediction）
推荐用法：
从头预测weight = 1
蛋白比对，weight = 1
PASA 转录组比对, weight = 10

然后现在的EVM版本已经更新到2.1了，1.0需要自己切分注释十分麻烦，2.1只要准备好：

1. denovo 的文件
2. 同源比对的文件
3. 转录组 比对的文件

三个文件就行，会直接生成最终的GFF。

这里注意两个参数 --segmentSize 和 --overlapSize

动物建议设置 --segmentSize 1000000 --overlapSize 100000
植物可以稍微短一些