学习小组-day3-Mingwei Guo：linux 软件操作学习

Linux利用miniconda软件安装与卸载学习

1.查询linux 版本：

bio03@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft/minicoda$ uname -a
Linux VM-0-10-ubuntu 4.15.0-54-generic #58-Ubuntu SMP Mon Jun 24 10:55:24 UTC 2019 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux

miniconda软件下载

2.利用wget命令下载：

bio03@VM-0-10-ubuntu:~$ cd biosoft/
bio03@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ cd minicoda/
bio03@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft/minicoda$ ls
bio03@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft/minicoda$ wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
--2020-04-19 20:12:54--  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
Resolving mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn (mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn)... 101.6.8.193, 2402:f000:1:408:8100::1
Connecting to mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn (mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn)|101.6.8.193|:443... connected.
HTTP request sent, awaiting response... 200 OK
Length: 85055499 (81M) [application/octet-stream]
Saving to: ‘Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh’

Miniconda3-latest-Linux-x86_64.s 100%[========================================================>]  81.12M  2.77MB/s    in 23s

2020-04-19 20:13:18 (3.56 MB/s) - ‘Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh’ saved [85055499/85055499]

bio03@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft/minicoda$ ls
Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

3.安装并添加镜像：

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

安装成功

4.激活：

bio03@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft/minicoda$ source ~/.bashrc
-------------------------------------------------------------------------
(base) bio03@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft/minicoda$ conda
-------------------------------------------------------------------------
usage: conda [-h] [-V] command ...

conda is a tool for managing and deploying applications, environments and packages.

Options:

positional arguments:
  command
    clean        Remove unused packages and caches.
    config       Modify configuration values in .condarc. This is modeled
                 after the git config command. Writes to the user .condarc
                 file (/home/bio03/.condarc) by default.
    create       Create a new conda environment from a list of specified
                 packages.
    help         Displays a list of available conda commands and their help
                 strings.
    info         Display information about current conda install.
    init         Initialize conda for shell interaction. [Experimental]
    install      Installs a list of packages into a specified conda
                 environment.
    list         List linked packages in a conda environment.
    package      Low-level conda package utility. (EXPERIMENTAL)
    remove       Remove a list of packages from a specified conda environment.
    uninstall    Alias for conda remove.
    run          Run an executable in a conda environment. [Experimental]
    search       Search for packages and display associated information. The
                 input is a MatchSpec, a query language for conda packages.
                 See examples below.
    update       Updates conda packages to the latest compatible version.
    upgrade      Alias for conda update.

optional arguments:
  -h, --help     Show this help message and exit.
  -V, --version  Show the conda version number and exit.

conda commands available from other packages:
  env

 # 使用清华镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

5.查找当前多有软件列表：conda list：

bio03@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft/minicoda$ conda list
# packages in environment at /home/bio03/miniconda3:
#
# Name                    Version                   Build  Channel
_libgcc_mutex             0.1                        main
asn1crypto                1.3.0                    py37_0
ca-certificates           2020.1.1                      0
certifi                   2019.11.28               py37_0
cffi                      1.14.0           py37h2e261b9_0
chardet                   3.0.4                 py37_1003
conda                     4.8.2                    py37_0
conda-package-handling    1.6.0            py37h7b6447c_0
cryptography              2.8              py37h1ba5d50_0
idna                      2.8                      py37_0
ld_impl_linux-64          2.33.1               h53a641e_7
libedit                   3.1.20181209         hc058e9b_0
libffi                    3.2.1                hd88cf55_4
libgcc-ng                 9.1.0                hdf63c60_0
libstdcxx-ng              9.1.0                hdf63c60_0
ncurses                   6.2                  he6710b0_0
openssl                   1.1.1d               h7b6447c_4
pip                       20.0.2                   py37_1
pycosat                   0.6.3            py37h7b6447c_0
pycparser                 2.19                     py37_0
pyopenssl                 19.1.0                   py37_0
pysocks                   1.7.1                    py37_0
python                    3.7.6                h0371630_2
readline                  7.0                  h7b6447c_5
requests                  2.22.0                   py37_1
ruamel_yaml               0.15.87          py37h7b6447c_0
setuptools                45.2.0                   py37_0
six                       1.14.0                   py37_0
sqlite                    3.31.1               h7b6447c_0
tk                        8.6.8                hbc83047_0
tqdm                      4.42.1                     py_0
urllib3                   1.25.8                   py37_0
wheel                     0.34.2                   py37_0
xz                        5.2.4                h14c3975_4
yaml                      0.1.7                had09818_2
zlib                      1.2.11               h7b6447c_3

6.搜索软件fastqc：conda search fastqc

 bio03@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft/minicoda$ conda search fastqc
Loading channels: done
# Name                       Version           Build  Channel
fastqc                        0.10.1               0  anaconda/cloud/bioconda
fastqc                        0.10.1               1  anaconda/cloud/bioconda
fastqc                        0.11.2               1  anaconda/cloud/bioconda
fastqc                        0.11.2      pl5.22.0_0  anaconda/cloud/bioconda
fastqc                        0.11.3               0  anaconda/cloud/bioconda
fastqc                        0.11.3               1  anaconda/cloud/bioconda
fastqc                        0.11.4               0  anaconda/cloud/bioconda
fastqc                        0.11.4               1  anaconda/cloud/bioconda
fastqc                        0.11.4               2  anaconda/cloud/bioconda
fastqc                        0.11.5               1  anaconda/cloud/bioconda
fastqc                        0.11.5               4  anaconda/cloud/bioconda
fastqc                        0.11.5      pl5.22.0_2  anaconda/cloud/bioconda
fastqc                        0.11.5      pl5.22.0_3  anaconda/cloud/bioconda
fastqc                        0.11.6               2  anaconda/cloud/bioconda
fastqc                        0.11.6      pl5.22.0_0  anaconda/cloud/bioconda
fastqc                        0.11.6      pl5.22.0_1  anaconda/cloud/bioconda
fastqc                        0.11.7               4  anaconda/cloud/bioconda
fastqc                        0.11.7               5  anaconda/cloud/bioconda
fastqc                        0.11.7               6  anaconda/cloud/bioconda
fastqc                        0.11.7      pl5.22.0_0  anaconda/cloud/bioconda
fastqc                        0.11.7      pl5.22.0_2  anaconda/cloud/bioconda
fastqc                        0.11.8               0  anaconda/cloud/bioconda
fastqc                        0.11.8               1  anaconda/cloud/bioconda
fastqc                        0.11.8               2  anaconda/cloud/bioconda
fastqc                        0.11.9               0  anaconda/cloud/bioconda

7.安装fastqc：

 bio03@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft/minicoda$ conda install fastqc -y
Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: done


==> WARNING: A newer version of conda exists. <==
  current version: 4.8.2
  latest version: 4.8.3

Please update conda by running

    $ conda update -n base -c defaults conda



## Package Plan ##

  environment location: /home/bio03/miniconda3

  added / updated specs:
    - fastqc


The following packages will be downloaded:

    package                    |            build
    ---------------------------|-----------------
    ca-certificates-2020.4.5.1 |       hecc5488_0         146 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    certifi-2020.4.5.1         |   py37hc8dfbb8_0         151 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    conda-4.8.3                |   py37hc8dfbb8_1         3.0 MB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    fastqc-0.11.9              |                0         9.7 MB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
    font-ttf-dejavu-sans-mono-2.37|       hab24e00_0         388 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    fontconfig-2.13.1          |    h86ecdb6_1001         340 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    freetype-2.10.1            |       he06d7ca_0         877 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    icu-64.2                   |       he1b5a44_1        12.6 MB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    libiconv-1.15              |    h516909a_1006         2.0 MB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    libpng-1.6.37              |       hed695b0_1         308 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    libuuid-2.32.1             |    h14c3975_1000          26 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    libxml2-2.9.10             |       hee79883_0         1.3 MB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    openjdk-11.0.1             |    h516909a_1016       175.5 MB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    openssl-1.1.1f             |       h516909a_0         2.1 MB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    perl-5.26.2                |    h516909a_1006        15.4 MB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    python_abi-3.7             |          1_cp37m           4 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    ------------------------------------------------------------
                                           Total:       223.9 MB

The following NEW packages will be INSTALLED:

  fastqc             anaconda/cloud/bioconda/noarch::fastqc-0.11.9-0
  font-ttf-dejavu-s~ anaconda/cloud/conda-forge/noarch::font-ttf-dejavu-sans-mono-2.37-hab24e00_0
  fontconfig         anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::fontconfig-2.13.1-h86ecdb6_1001
  freetype           anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::freetype-2.10.1-he06d7ca_0
  icu                anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::icu-64.2-he1b5a44_1
  libiconv           anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::libiconv-1.15-h516909a_1006
  libpng             anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::libpng-1.6.37-hed695b0_1
  libuuid            anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::libuuid-2.32.1-h14c3975_1000
  libxml2            anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::libxml2-2.9.10-hee79883_0
  openjdk            anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::openjdk-11.0.1-h516909a_1016
  perl               anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::perl-5.26.2-h516909a_1006
  python_abi         anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::python_abi-3.7-1_cp37m

The following packages will be UPDATED:

  ca-certificates     pkgs/main::ca-certificates-2020.1.1-0 --> anaconda/cloud/conda-forge::ca-certificates-2020.4.5.1-hecc5488_0
  certifi              pkgs/main::certifi-2019.11.28-py37_0 --> anaconda/cloud/conda-forge::certifi-2020.4.5.1-py37hc8dfbb8_0
  conda                       pkgs/main::conda-4.8.2-py37_0 --> anaconda/cloud/conda-forge::conda-4.8.3-py37hc8dfbb8_1
  openssl              pkgs/main::openssl-1.1.1d-h7b6447c_4 --> anaconda/cloud/conda-forge::openssl-1.1.1f-h516909a_0



Downloading and Extracting Packages
certifi-2020.4.5.1   | 151 KB    | ####################################################################################### | 100%
openjdk-11.0.1       | 175.5 MB  | ####################################################################################### | 100%
conda-4.8.3          | 3.0 MB    | ####################################################################################### | 100%
font-ttf-dejavu-sans | 388 KB    | ####################################################################################### | 100%
fastqc-0.11.9        | 9.7 MB    | ####################################################################################### | 100%
libiconv-1.15        | 2.0 MB    | ####################################################################################### | 100%
libuuid-2.32.1       | 26 KB     | ####################################################################################### | 100%
python_abi-3.7       | 4 KB      | ####################################################################################### | 100%
libxml2-2.9.10       | 1.3 MB    | ####################################################################################### | 100%
ca-certificates-2020 | 146 KB    | ####################################################################################### | 100%
icu-64.2             | 12.6 MB   | ####################################################################################### | 100%
libpng-1.6.37        | 308 KB    | ####################################################################################### | 100%
freetype-2.10.1      | 877 KB    | ####################################################################################### | 100%
openssl-1.1.1f       | 2.1 MB    | ####################################################################################### | 100%
fontconfig-2.13.1    | 340 KB    | ####################################################################################### | 100%
perl-5.26.2          | 15.4 MB   | ####################################################################################### | 100%
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done

8.卸载fastqc：

bio03@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft/minicoda$ conda remove fastqc -y
Collecting package metadata (repodata.json): done
Solving environment: done

## Package Plan ##

  environment location: /home/bio03/miniconda3

  removed specs:
    - fastqc


The following packages will be downloaded:

    package                    |            build
    ---------------------------|-----------------
    _libgcc_mutex-0.1          |      conda_forge           3 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    _openmp_mutex-4.5          |            0_gnu         435 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    brotlipy-0.7.0             |py37h8f50634_1000         346 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    cffi-1.14.0                |   py37hd463f26_0         221 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    chardet-3.0.4              |py37hc8dfbb8_1006         169 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    conda-package-handling-1.6.0|   py37h8f50634_2         945 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    cryptography-2.8           |   py37hb09aad4_2         617 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    idna-2.9                   |             py_1          52 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    ld_impl_linux-64-2.34      |       h53a641e_0         616 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    libffi-3.2.1               |    he1b5a44_1007          47 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    libgcc-ng-9.2.0            |       h24d8f2e_2         8.2 MB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    libgomp-9.2.0              |       h24d8f2e_2         816 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    libstdcxx-ng-9.2.0         |       hdf63c60_2         4.5 MB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    ncurses-6.1                |    hf484d3e_1002         1.3 MB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    pip-20.0.2                 |             py_2         1.0 MB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    pycosat-0.6.3              |py37h8f50634_1004         107 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    pycparser-2.20             |             py_0          89 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    pyopenssl-19.1.0           |             py_1          47 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    pysocks-1.7.1              |   py37hc8dfbb8_1          27 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    readline-7.0               |    hf8c457e_1001         391 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    requests-2.23.0            |     pyh8c360ce_2          47 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    ruamel_yaml-0.15.80        |py37h8f50634_1001         267 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    setuptools-46.1.3          |   py37hc8dfbb8_0         634 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    six-1.14.0                 |             py_1          13 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    tk-8.6.10                  |       hed695b0_0         3.2 MB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    tqdm-4.45.0                |     pyh9f0ad1d_0          48 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    urllib3-1.25.9             |             py_0          92 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    wheel-0.34.2               |             py_1          24 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    xz-5.2.5                   |       h516909a_0         430 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    yaml-0.2.3                 |       h516909a_0          82 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    zlib-1.2.11                |    h516909a_1006         105 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    ------------------------------------------------------------
                                           Total:        24.7 MB

The following NEW packages will be INSTALLED:

  _openmp_mutex      anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::_openmp_mutex-4.5-0_gnu
  brotlipy           anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::brotlipy-0.7.0-py37h8f50634_1000
  libgomp            anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::libgomp-9.2.0-h24d8f2e_2

The following packages will be REMOVED:

  asn1crypto-1.3.0-py37_0
  fastqc-0.11.9-0
  font-ttf-dejavu-sans-mono-2.37-hab24e00_0
  fontconfig-2.13.1-h86ecdb6_1001
  freetype-2.10.1-he06d7ca_0
  icu-64.2-he1b5a44_1
  libiconv-1.15-h516909a_1006
  libpng-1.6.37-hed695b0_1
  libuuid-2.32.1-h14c3975_1000
  libxml2-2.9.10-hee79883_0
  openjdk-11.0.1-h516909a_1016
  perl-5.26.2-h516909a_1006

The following packages will be UPDATED:

  chardet                pkgs/main::chardet-3.0.4-py37_1003 --> anaconda/cloud/conda-forge::chardet-3.0.4-py37hc8dfbb8_1006
  conda-package-han~ pkgs/main::conda-package-handling-1.6~ --> anaconda/cloud/conda-forge::conda-package-handling-1.6.0-py37h8f50634_2
  cryptography       pkgs/main::cryptography-2.8-py37h1ba5~ --> anaconda/cloud/conda-forge::cryptography-2.8-py37hb09aad4_2
  idna                  pkgs/main/linux-64::idna-2.8-py37_0 --> anaconda/cloud/conda-forge/noarch::idna-2.9-py_1
  ld_impl_linux-64   pkgs/main::ld_impl_linux-64-2.33.1-h5~ --> anaconda/cloud/conda-forge::ld_impl_linux-64-2.34-h53a641e_0
  libffi                 pkgs/main::libffi-3.2.1-hd88cf55_4 --> anaconda/cloud/conda-forge::libffi-3.2.1-he1b5a44_1007
  libgcc-ng           pkgs/main::libgcc-ng-9.1.0-hdf63c60_0 --> anaconda/cloud/conda-forge::libgcc-ng-9.2.0-h24d8f2e_2
  libstdcxx-ng       pkgs/main::libstdcxx-ng-9.1.0-hdf63c6~ --> anaconda/cloud/conda-forge::libstdcxx-ng-9.2.0-hdf63c60_2
  pip                 pkgs/main/linux-64::pip-20.0.2-py37_1 --> anaconda/cloud/conda-forge/noarch::pip-20.0.2-py_2
  pycosat            pkgs/main::pycosat-0.6.3-py37h7b6447c~ --> anaconda/cloud/conda-forge::pycosat-0.6.3-py37h8f50634_1004
  pycparser          pkgs/main/linux-64::pycparser-2.19-py~ --> anaconda/cloud/conda-forge/noarch::pycparser-2.20-py_0
  pyopenssl          pkgs/main/linux-64::pyopenssl-19.1.0-~ --> anaconda/cloud/conda-forge/noarch::pyopenssl-19.1.0-py_1
  pysocks                   pkgs/main::pysocks-1.7.1-py37_0 --> anaconda/cloud/conda-forge::pysocks-1.7.1-py37hc8dfbb8_1
  readline               pkgs/main::readline-7.0-h7b6447c_5 --> anaconda/cloud/conda-forge::readline-7.0-hf8c457e_1001
  requests           pkgs/main/linux-64::requests-2.22.0-p~ --> anaconda/cloud/conda-forge/noarch::requests-2.23.0-pyh8c360ce_2
  setuptools            pkgs/main::setuptools-45.2.0-py37_0 --> anaconda/cloud/conda-forge::setuptools-46.1.3-py37hc8dfbb8_0
  six                 pkgs/main/linux-64::six-1.14.0-py37_0 --> anaconda/cloud/conda-forge/noarch::six-1.14.0-py_1
  tk                         pkgs/main::tk-8.6.8-hbc83047_0 --> anaconda/cloud/conda-forge::tk-8.6.10-hed695b0_0
  tqdm                          pkgs/main::tqdm-4.42.1-py_0 --> anaconda/cloud/conda-forge::tqdm-4.45.0-pyh9f0ad1d_0
  urllib3            pkgs/main/linux-64::urllib3-1.25.8-py~ --> anaconda/cloud/conda-forge/noarch::urllib3-1.25.9-py_0
  wheel              pkgs/main/linux-64::wheel-0.34.2-py37~ --> anaconda/cloud/conda-forge/noarch::wheel-0.34.2-py_1
  xz                         pkgs/main::xz-5.2.4-h14c3975_4 --> anaconda/cloud/conda-forge::xz-5.2.5-h516909a_0
  yaml                     pkgs/main::yaml-0.1.7-had09818_2 --> anaconda/cloud/conda-forge::yaml-0.2.3-h516909a_0
  zlib                    pkgs/main::zlib-1.2.11-h7b6447c_3 --> anaconda/cloud/conda-forge::zlib-1.2.11-h516909a_1006

The following packages will be SUPERSEDED by a higher-priority channel:

  _libgcc_mutex           pkgs/main::_libgcc_mutex-0.1-main --> anaconda/cloud/conda-forge::_libgcc_mutex-0.1-conda_forge
  cffi                pkgs/main::cffi-1.14.0-py37h2e261b9_0 --> anaconda/cloud/conda-forge::cffi-1.14.0-py37hd463f26_0
  ncurses                 pkgs/main::ncurses-6.2-he6710b0_0 --> anaconda/cloud/conda-forge::ncurses-6.1-hf484d3e_1002
  ruamel_yaml        pkgs/main::ruamel_yaml-0.15.87-py37h7~ --> anaconda/cloud/conda-forge::ruamel_yaml-0.15.80-py37h8f50634_1001



Downloading and Extracting Packages
cffi-1.14.0          | 221 KB    | ####################################################################################### | 100%
xz-5.2.5             | 430 KB    | ####################################################################################### | 100%
idna-2.9             | 52 KB     | ####################################################################################### | 100%
urllib3-1.25.9       | 92 KB     | ####################################################################################### | 100%
libgcc-ng-9.2.0      | 8.2 MB    | ####################################################################################### | 100%
readline-7.0         | 391 KB    | ####################################################################################### | 100%
pycparser-2.20       | 89 KB     | ####################################################################################### | 100%
ld_impl_linux-64-2.3 | 616 KB    | ####################################################################################### | 100%
_libgcc_mutex-0.1    | 3 KB      | ####################################################################################### | 100%
requests-2.23.0      | 47 KB     | ####################################################################################### | 100%
libgomp-9.2.0        | 816 KB    | ####################################################################################### | 100%
ncurses-6.1          | 1.3 MB    | ####################################################################################### | 100%
six-1.14.0           | 13 KB     | ####################################################################################### | 100%
zlib-1.2.11          | 105 KB    | ####################################################################################### | 100%
pycosat-0.6.3        | 107 KB    | ####################################################################################### | 100%
_openmp_mutex-4.5    | 435 KB    | ####################################################################################### | 100%
brotlipy-0.7.0       | 346 KB    | ####################################################################################### | 100%
libstdcxx-ng-9.2.0   | 4.5 MB    | ####################################################################################### | 100%
pysocks-1.7.1        | 27 KB     | ####################################################################################### | 100%
ruamel_yaml-0.15.80  | 267 KB    | ####################################################################################### | 100%
tqdm-4.45.0          | 48 KB     | ####################################################################################### | 100%
pip-20.0.2           | 1.0 MB    | ####################################################################################### | 100%
chardet-3.0.4        | 169 KB    | ####################################################################################### | 100%
libffi-3.2.1         | 47 KB     | ####################################################################################### | 100%
setuptools-46.1.3    | 634 KB    | ####################################################################################### | 100%
wheel-0.34.2         | 24 KB     | ####################################################################################### | 100%
tk-8.6.10            | 3.2 MB    | ####################################################################################### | 100%
conda-package-handli | 945 KB    | ####################################################################################### | 100%
pyopenssl-19.1.0     | 47 KB     | ####################################################################################### | 100%
cryptography-2.8     | 617 KB    | ####################################################################################### | 100%
yaml-0.2.3           | 82 KB     | ####################################################################################### | 100%
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done

学习“分身”

1.理解conda环境：

生信实战中，需要分析转录组、基因组组装、重测序等多个项目。
每一个项目都需要不同的软件，另外软件之间的结合也是需要版本要求的，比如A项目你需要用a软件V 1.0版本，但是处理B项目又需要用到a软件的V 1.5版本，按照你的项目，定制不同的分身，安装不同的软件，互不干扰。这个分身就是不同的“conda environment”
资料引自“生信星球” https://m.umu.cn/session/pay?surl=29dNAa6e8

2.查看当前conda环境：

bio03@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft/minicoda$ conda info --envs
# conda environments:
#
base                  *  /home/bio03/miniconda3

目前仅有一个conda环境。

3.重新建立一个RNA-seq的conda环境：

建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic

bio03@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft/minicoda$ conda create -n RNA_seq python=3 fastqc trimmomatic -y
Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: done

## Package Plan ##

  environment location: /home/bio03/miniconda3/envs/RNA_seq

  added / updated specs:
    - fastqc
    - python=3
    - trimmomatic


The following packages will be downloaded:

    package                    |            build
    ---------------------------|-----------------
    alsa-lib-1.1.5             |    h516909a_1002         544 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    certifi-2020.4.5.1         |   py38h32f6830_0         151 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    giflib-5.2.1               |       h516909a_2          80 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    jpeg-9c                    |    h14c3975_1001         251 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    lcms2-2.9                  |       hbd6801e_1         406 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    libtiff-4.1.0              |       hc7e4089_6         668 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    libwebp-base-1.1.0         |       h516909a_3         845 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    libxcb-1.13                |    h14c3975_1002         396 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    lz4-c-1.9.2                |       he1b5a44_0         223 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    openjdk-11.0.1             |    h600c080_1018       172.1 MB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    pthread-stubs-0.4          |    h14c3975_1001           5 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    python-3.8.2               |he5300dc_6_cpython        70.8 MB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    python_abi-3.8             |           1_cp38           4 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    readline-8.0               |       hf8c457e_0         441 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    setuptools-46.1.3          |   py38h32f6830_0         635 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    sqlite-3.30.1              |       hcee41ef_0         2.0 MB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    trimmomatic-0.39           |                1         142 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
    xorg-fixesproto-5.0        |    h14c3975_1002           8 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    xorg-inputproto-2.3.2      |    h14c3975_1002          18 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    xorg-kbproto-1.0.7         |    h14c3975_1002          26 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    xorg-libx11-1.6.9          |       h516909a_0         918 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
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    xorg-libxfixes-5.0.3       |    h516909a_1004          17 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    xorg-libxi-1.7.10          |       h516909a_0          45 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
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    xorg-libxtst-1.2.3         |    h516909a_1002          31 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    xorg-recordproto-1.14.2    |    h516909a_1002           7 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
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    xorg-xproto-7.0.31         |    h14c3975_1007          72 KB  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
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    ------------------------------------------------------------
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  trimmomatic        anaconda/cloud/bioconda/noarch::trimmomatic-0.39-1
  wheel              anaconda/cloud/conda-forge/noarch::wheel-0.34.2-py_1
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  xorg-xextproto     anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::xorg-xextproto-7.3.0-h14c3975_1002
  xorg-xproto        anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::xorg-xproto-7.0.31-h14c3975_1007
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Downloading and Extracting Packages
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xorg-recordproto-1.1 | 7 KB      | ####################################################################################### | 100%
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certifi-2020.4.5.1   | 151 KB    | ####################################################################################### | 100%
libxcb-1.13          | 396 KB    | ####################################################################################### | 100%
xorg-libxi-1.7.10    | 45 KB     | ####################################################################################### | 100%
lcms2-2.9            | 406 KB    | ####################################################################################### | 100%
xorg-libx11-1.6.9    | 918 KB    | ####################################################################################### | 100%
xorg-fixesproto-5.0  | 8 KB      | ####################################################################################### | 100%
libtiff-4.1.0        | 668 KB    | ####################################################################################### | 100%
readline-8.0         | 441 KB    | ####################################################################################### | 100%
python-3.8.2         | 70.8 MB   | ####################################################################################### | 100%
lz4-c-1.9.2          | 223 KB    | ####################################################################################### | 100%
jpeg-9c              | 251 KB    | ####################################################################################### | 100%
xorg-inputproto-2.3. | 18 KB     | ####################################################################################### | 100%
xorg-libxext-1.3.4   | 51 KB     | ####################################################################################### | 100%
python_abi-3.8       | 4 KB      | ####################################################################################### | 100%
giflib-5.2.1         | 80 KB     | ####################################################################################### | 100%
xorg-xextproto-7.3.0 | 27 KB     | ####################################################################################### | 100%
libwebp-base-1.1.0   | 845 KB    | ####################################################################################### | 100%
xorg-libxdmcp-1.1.3  | 18 KB     | ####################################################################################### | 100%
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done
#
# To activate this environment, use
#
#     $ conda activate RNA_seq
#
# To deactivate an active environment, use
#
#     $ conda deactivate

再次查看conda环境：

bio03@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft/minicoda$ conda info --envs
# conda environments:
#
base                  *  /home/bio03/miniconda3
RNA_seq                  /home/bio03/miniconda3/envs/RNA_seq

4.激活新的conda环境RNA_seq ：

bio03@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft/minicoda$ conda activate RNA_seq

用户前出现RNA_seq

(RNA_seq) bio03@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft/minicoda$

总结：

学习小组-Day3-Mingwei Guo.png

最后编辑于：2020.04.19 23:21:23

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学习小组-day3-Mingwei Guo：linux 软件操作学习

Linux利用miniconda软件安装与卸载学习

1.查询linux 版本：

2.利用wget命令下载：

3.安装并添加镜像：

4.激活：

5.查找当前多有软件列表：conda list：

6.搜索软件fastqc：conda search fastqc

7.安装fastqc：

8.卸载fastqc：

学习“分身”

1.理解conda环境：

2.查看当前conda环境：

3.重新建立一个RNA-seq的conda环境：

4.激活新的conda环境RNA_seq ：

总结：

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