疾病负担研究(GBD)-如何绘制全球国家发病率数据

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接着上一期我们重现了文中的表格1后,我们继续复现文中的图1。

复现这个数据,需要我们下载每个国家的数据。同样的我们登录GBD网站,下载好国家层面的数据,按照前面限制的条件,将location限定在select only countries and territories上。

按照上节课的内容,我们已经得到地区层面的Table 1,现在我们按照同样的方法需要得到国家层面的数据,再将数据映射到地图上。

我们首先复现图1中的A图,也就是ASR标准发病率的地图展示,我们读取需要的数据

我们首先设置工作路径,安装以下几个包后,读取需要的包

我们读取2019年的ASR数据

我们读取地图数据,

查看下worldData数据集,可以看到各个经纬度对应的国家名称(region)

由于region里的部分国家名称可能会和ASR_2019国家数据集的国家名称(location)不一致,因此我们需要对不一致的内容进行调整。以下代码是我核对两者数据集后不一样的国家名称后对ASR_2019国家数据集的国家名称(location)进行调整后的数据结果,这里我已经调整完毕,大家可以直接取用。

接着我们来画图,采用以下代码,大家调整自己数据的时候需要对break进行调整,不然图出来会比较难看。

运行后就可以得到以下图1A,然后大家导出为矢量图格式,然后用AI调整后图片后就可以得到文章中的图1A。

同样的道理,我们来绘制文章中的图1B,根据图1B的描述,我们需要得到2019年以及1990的发病数,从而得到图B。

首先,我们在绘图之前需要得到目标的数值,change in cancer cases.

运行上述代码即可获得我们的目标结果,接着我们需要匹配好两个数据集的国家名字要一致

然后调整好数据集后,我们进行绘图

运行后就可以得到图1B的类似结果,然后大家导出为矢量图格式,然后用AI调整后图片后就可以得到文章中的图1B。

同样的思路来绘制EAPC的地图图1C

首先获取EAPC结果

校正好国家名称,绘制图像


最后得到如下结果

好了,大家接着在AI里调整3张图的格式后合并成1张图后就可以得到想要的图1了,大家按照上述思路可以实操起来了


大家如果需要上述代码,关注公众号“小明学习室”,回复关键词“GBD”即可下载全部代码。

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