学习小组Day3笔记-赵豪

今天的重点是linux环境下的软件安装（miniconda）

放上思维导图

Day3-Linux下的软件安装.jpg

检索并下载miniconda

1. bing检索清华miniconda源

   
   
   检索结果
2. 查看系统构架

uname -a
Linux VM-0-6-ubuntu 4.15.0-118-generic #119-Ubuntu SMP Tue Sep 8 12:30:01 UTC 2020 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux

由上可得框架为X86_64

3. 下载对应最新安装包

   
   
   最新版本

wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

下载软件包

4. bash指令运行安装脚本

bash ./Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

安装过程

成功安装

5.重载 ~/.bashrc

source ~/.bashrc

上述这一步如果在自己的系统里面也可以直接使用

6. 查看conda安装成功情况

   
   
   conda安装成功

7. 设置conda镜像

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

8.查看软件列表

conda list

软件列表

9. 安装fastqc

conda install packagename -y

安装成功

10.卸载软件

conda remove packagename -y

11 创建rna-seq幻境

conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
conda info -envs
conda activate rna-seq
conda deactivate

第11步操作录屏

截图_20214426034430.png