bedtools常见使用汇总

1. bedtools 对基因组染色体进行滑窗

bedtools makewindows -g CoreFlex.2kb.sizes -w 200 -s 20 > CoreFlex.2kb.sizes.200bp_20bp.bed

文件格式（CoreFlex.2kb.sizes ，使用Tab进行分隔）：

C00001  5580
C00002  5275
C00003  4612
C00004  6967
C00005  5881
C00006  7173

2. bedtools 计算reads覆盖度

bedtools coverage -a  TUE.gene.2kb.fasta.100bp.bed   -b  ${sample}.sorted.bam > ${sample}.Cov

文件格式（TUE.gene.2kb.fasta.100bp.bed，使用Tab进行分隔）：

TUE00001    0   100
TUE00001    100 200
TUE00001    200 300
TUE00001    300 400
TUE00001    400 500
TUE00001    500 600
TUE00001    600 700

3. 合并bed区间(原则：先排序，后合并)

sort -k1,1 -k2,2n -k3,3n $mergedBed.tmp > $mergedBed.tmp.sorted
bedtools merge  -i  $mergedBed.tmp.sorted  > $mergedBed