melodic_ica code

1.剥头皮
bet HC001.nii.gz HC001_brain.nii.gz -f 0.3
2.准备文件列表
ls *.nii.gz | sed "s:^:`pwd`/:"
3.运行fsl-melodic gui
fsl
4.鉴定成分
fslcc --noabs -p 3 -t 0.2 RSNs_3mm.nii.gz groupmelodic.ica/melodic_IC.nii.gz
5.构建设计矩阵和对比矩阵
design_ttest2 design 14 11
6.dual_regression
dual_regression groupmelodic.ica/melodic_IC 1 design.mat design.con 5000 stats `cat .filelist`
跑完可以用fslmaths卡0.95的阈值后可视化例如：
fslmaths dr_stage3_ic0000_tfce_corrp_tstat1.nii.gz -thr 0.95 dr_stage3_ic0000_tfce_corrp_tstat1_95thrd.nii.gz
也可以拷贝dr_stage2*Z.nii.gz文件自行做统计
*7.画出每个成分的图片在melodic_IC.sum（FSLnets可以调用展示，仅此）
slices_summary groupmelodic.ica/melodic_IC 4 /opt/fsl/data/standard/MNI152_T1_3mm groupmelodic.ica/melodic_IC.sum
8.
运行calFNCmat.m可以直接求得FNC矩阵，后续可在gretna里面继续分析，参考前几天内容
也可以运行matlab代码FNCscripts.m调用FSLnets进行统计
（注意，如果运行过calFNCmat.m，则需要把stats文件夹里面的FNCmat*.txt和zFNCmat*.txt移走）

####可视化某一成分，以11号成分为例
mkdir groupmelodic.ica/presentation
flirt -in groupmelodic.ica/stats/thresh_zstat11.nii.gz -ref /opt/fsl/data/standard/MNI152_T1_0.5mm.nii.gz -applyxfm -usesqform -out groupmelodic.ica/presentation/thresh_zstat11_highres.nii.gz
overlay 1 0 /opt/fsl/data/standard/MNI152_T1_0.5mm.nii.gz -A groupmelodic.ica/presentation/thresh_zstat11_highres.nii.gz 2.5 10 groupmelodic.ica/presentation/thresh_zstat11_highres_overlay.nii.gz

slicer groupmelodic.ica/presentation/thresh_zstat11_highres_overlay.nii.gz -a groupmelodic.ica/presentation/thresh_zstat11_highres_overlay.png

slicer groupmelodic.ica/presentation/thresh_zstat11_highres_overlay.nii.gz -S 15 2 groupmelodic.ica/presentation/thresh_zstat11_highres_overlay_axis.png

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