前言
作为最大的双子叶植物科，菊科包含各种经济作物、观赏植物和许多药用植物。基因组学和转录组学的进步彻底改变了菊科物种的研究，产生了大量的组学数据，需要一个高效的数据整合和分析平台。然而，现有的数据库在挖掘具有特定功能的基因和支持跨物种研究方面面临挑战。10月8日，《Nucleic Acids Research》期刊上发表了华中农业大学的通讯新作“AMIR: a multi-omics data platform for Asteraceae plantsgenetics and breeding research”。AMIR是一个面向菊科植物群落的组学中心，建立了菊科第一个泛基因组、比较基因组学和转录组系统。此外，该数据库还提供了用户友好的工具，旨在促进广泛的定制生物信息学分析。让我们一起来学习一下吧~
文献标题：AMIR: a multi-omics data platform for Asteraceae plantsgenetics and breeding research
发表期刊：Nucleic Acids Research
影响因子：16.6
发表时间：2024.10.08
数据库访问地址：https://yanglab.hzau.edu.cn/AMIR/home/
数据库概览
Origingene
AMIR数据库内容及功能
Origingene
AMIR (https://yanglab.hzau.edu.cn/AMIR/），致力于开发一个全面且用户友好的多组学数据平台，该数据库集成了来自 74 个物种的多样化组学数据，包括 132 个基因组、从7个不同角度注释的4,408,432 个基因、3897 个涵盖 131 个器官、组织和刺激物的转录组样本、42,765,290 个独特的变异和 15,662 个代谢物基因。基于以上数据，AMIR构建了8个专注于基因的组学模块，包括Species, Genomes, Transcriptomes, Variome, Pathways&Networks, Tools, Downloads和Help。
此外，为了提高用户的便利性和可访问性，将9个生物信息学工具集成到AMIR的tools门户中。这些工具包括一系列功能，包括JBrowser, BLAST, Multialignment viewer, Sequence fetch, GO/KEGGenrichment，Primer3, e-PCR和Domain search。值得注意的是，“JBrowser”工具整合了68个菊科基因组和GFF3注释，使用户能够直观地探索特定区域的基因组序列和基因信息。使用BLAST工具，用户可以输入查询核苷酸或蛋白质序列，用于物种内或物种间比较，方便功能分析。“Multi Alignment Viewer”允许用户执行多个序列比对，以识别序列之间的保守区域。此外，“Sequence fetch”工具使用户能够检索参考序列，包括基因组序列、编码序列(CDS)和蛋白质序列，用于定制分析。对于基因集的功能预测，“GO/KEGGenrichment”工具提供了可下载结果的富集分析功能和富集途径气泡图的可视化。“Primer3”和“e-PCR”等模块帮助用户快速选择基因或核苷酸序列的最佳引物对，以方便下游实验。最后，“Domain search”工具有助于识别蛋白质结构域，提供对其功能作用的见解。总之，AMIR工具的开发支持了菊科物种的功能基因发现、比较基因组研究和分子实验。
目前，AMIR拥有多种数据类型，包括物种信息、基因组和转录组，以及来自转录组处理和分析的变异和共表达数据。随着菊科基因组学研究的深入，以及全基因组测序数据和表观遗传学数据（如甲基化、组蛋白修饰、ATAC-seq和ChIP-seq）的增加，将会用新的组学信息不断丰富AMIR。总之，通过整合菊科物种的多组学数据和开发强大的分析工具，AMIR将显著推进功能基因组学研究，为菊科物种的育种实践做出贡献。
参考文献
Liu D, Luo C, Dai R, Huang X, Chen X, He L, Mao H, Li J, Zhang L, Yang QY, Mei Z. AMIR: a multi-omics data platform for Asteraceae plants genetics and breeding research. Nucleic Acids Res. 2024 Oct 8:gkae833. doi: 10.1093/nar/gkae833. Epub ahead of print. PMID: 39377391.
