生信学习-linux环境下安装软件
Miniconda
最方便快捷的软件下载器，没有之一。它的作用就相当于App store，90%以上的软件都能搜到，一键安装。日常生信使用小而精的Miniconda即可
miniconda下载
- 百度/谷歌搜索“miniconda 清华”（是清华的conda镜像网站）
- 接下来，查看服务器是多少位的：输入命令 uname -a
- 选择具体版本右键-复制下载链接
- cd-biosoft,wget +刚复制的链接
miniconda的安装和激活
1.安装
输入命令bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
看到要输入enter和yes说明正确
2.激活
输入命令source ~/.bashrc
在点击conda才会出现教程激活的样式
minconda下软件的安装和卸载
1.软件安装
- 搜索软件 conda search fastqc
- 安装软件 conda install fastqc -y(conda install fastqc=0.11.7 -y,指定某版本用的命令)
2.软件卸载
- conda remove fastqc -y
conda环境
1.适用场景
比如A项目你需要用a软件V 1.0版本，但是处理B项目又需要用到a软件的V 1.5版本，怎么办？
--别想了，办法就是分身！！按照你的项目，定制不同的分身，安装不同的软件，互不干扰。这个分身就是不同的“conda environment”。
2.查看当前conda有哪些环境
conda info --envs (前面带*的就是默认的)
3.新建conda 环境
比如我们要处理转录组数据了，好，先建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic（这两个可以一步完成）。
命令是conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
4.激活新conda环境
conda activate rna-seq。这时默认的就会转移到rna-seq前面。
生信Day3.jpg
