关键词

miniconda安装及使用，conda分身

今日笔记

1. 下载 miniconda

• 使用 ' wget ' 命令进行：wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

• uname -a # 查看服务器是多少位（32/ 64 ...）

2. 安装 miniconda

（1） 使用 ' bash ' 命令进行：bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
（2） ！安装后source ~/.bashrc激活环境变量后方可使用！
（3） 输入conda，有信息跳出说明安装成功

3. 添加镜像

• 使用清华镜像
  conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
  conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
  conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
  conda config --set show_channel_urls yes

add channels

4. 使用miniconda

（1）conda list # 查看当前所有软件列表
（2）conda search fastqc # （以数据质控软件 fastqc 为例）搜索 fastqc
（3）conda install fastqc # 安装 fastqc

conda install fastqc -y # 自动安装 fastqc
conda install fastqc=0.11.7 # 安装fastqc版本号为0.11.7

（4） conda remove fastqc -y # 卸载fastqc

5. conda 分身

（1）conda info --envs # 查看当前conda环境

（2）conda create -n rna_seq python=3 fastqc trimmomatic -y # 建立一个名叫 rna_seq 的conda环境；python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic

• 安装完成后可查看到 conda 环境新增了rna_seq：

（3）conda activate rna_seq # 激活新的 conda 环境

一个小结

命令大全深似海...我都快变成字符了，还不会调用工具 T^T