常用Linux生信软件仓库 miniconda

一，安装miniconda

1, yum install -y bzip2 #装载bzip2压缩软件
2，wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #下载miniconda
3, bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #安装miniconda
4, source ~/.bashrc #激活conda
5, conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda conda config --set show_channel_urls yes #添加清华镜像

二，使用conda

conda list #查看所有安装软件
conda search fastqc #搜索fastqc
conda install fastqc -y #自动安装fastqc
conda install fastqc=0.11.7 -y #制定版本号安装老版本
conda remove fastqc -y #卸载

三，conda环境

conda info --envs #查看conda现有环境
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y #建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic（这两个可以一步完成）
conda activate rna-seq #激活rna-seq环境
conda remove -n rna-seq fastqc -y #卸载环境