2020-02-08 Linux下安装软件
Anaconda与miniconda相当于是Appstore
Anaconda包含的范围大,是总管;miniconda是精简版Anaconda,专注于生信领域
具体可参考生信小白第3天-linux的App Store
下载miniconda
- 通过输入uname-a查看自己的操作系统是64位还是32位
- biosoft文件夹下执行以下命令
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
安装miniconda
- bash安装miniconda
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh - 一路按"Enter"键或选"yes"
- 主目录下激活环境变量
source /home/bio07/.bash.rc - 测试
conda - 添加镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
在miniconda下安装或删除软件
- 查看当前软件列表
conda list - 搜索软件
conda search fastqc - 安装软件
conda install fastqc -y
"-y"是自动安装 - 删除软件
conda remove fastqc -y
配置不同的conda environment
- 查看当前的environment
conda info -e
带*的就是默认的 - 建立一个名为rna-seq的conda environment，指定python版本是3,安装软件fastqc、trimmomatic
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic - 激活新的conda environment(rna-seq环境)
conda activate rna-seq
4.查看当前的environment
conda info -e
带*的已经是rna-seq,而不是base
