官方使用参考：http://mummer.sourceforge.net/manual
中文原理解释+教程参考：https://www.jianshu.com/p/2e184e5c15b7
安装MUMmer
MUMmer的各版本可以从 https://sourceforge.net/projects/mummer/ 下载
我用的是3.23版的
wget https://jaist.dl.sourceforge.net/project/mummer/mummer/3.23/MUMmer3.23.tar.gz
tar -xvzf MUMmer3.0.tar.gz #解压压缩包。你可以输入“rar --help”查看“-xzvf”分别代表什么意思
make check #确保makefile能够识别程序。如果没有出现错误消息，则诊断成功，可以继续。
#但是，如果显示错误消息，则无法通过系统路径访问所列出的程序。如果需要，请安装相关程序，将它们添加到您的系统PATH变量中，然后输入以下命令继续安装MUMmer：
make install #如果报错了，可能是gcc出了问题。解决方法请看《官方使用参考》
使用MUMmer
注：请到 /MUMmer-version/ 目录下使用，要不然就把bin目录添加到环境变量里（我没有找到bin目录是哪个，所以我没添加）
步骤一：nucmer用于比对
我用的是nucmer，因为它用于关系密切的多序列比对。它先找到给定长度的最大精确匹配，然后将这些匹配聚类形成更大的不精确对齐区域。最后，它将每个匹配的对齐向外扩展，将集群加入到一个单独的高分成对对齐中。这使得NUCmer最适合定位和显示高度保守的DNA序列区域。
很多时候，需要将两个尚未完成的基因组或两个基因组与多个染色体对齐。这可能会更复杂一些，因为必须为每个可能的序列配对生成单独的比对。NUCmer和PROmer都能自动化这一过程，并接受多个fasta文件输入，从而简化了对齐两组contigs、scaffold或染色体的过程。
- promer：是Perl写的流程，它用以翻译后的氨基酸序列 进行联配，工作原理同nucmer；
- run-mummer1, run-mummer3： 两者是基于cshell写的流程，用于两个序列的常规联配，和promer，nucmer类似，只不过能够自动识别序列类型。它们擅长联配相似度高的DNA序列，找到它们的不同，也就是适合找SNP或者纠错。前者用于1v1、无重排，后者1v多、有重排。
nucmer用法：
nucmer [options] <reference file> <query file>
options参数解释：
--minmatch/-l: 单个匹配最小长度
--forwoard/-f, --reverse/-r: 只匹配正链或只匹配负链。
--mincluster/-c: 用于聚类的匹配最低长度，默认65
--maxgap/-g: 两个相邻匹配间的最大gap长度，默认90
--diagdiff/-D: 一个聚类中两个邻接匹配，最大对角差分，默认5
--diagfactor/-d: 也是和对角差分相关参数，只不过和gap长度有关，默认0.12
--breaklen/-b: 在对联配两端拓展式，在终止后继续延伸的程度，默认200
--[no]extend：是否外延，默认是
--[no]optimize：是否优化，默认是。即在联配分数较低时不会立刻终止，而是回顾整条联配，看能否苟延残喘一会。
--depend: 显示依赖信息后退出
--coords: 调用show-coords输出坐标信息
--prefix/-p: 输出文件的前缀
--[no]delta: 是否输出delta文件，默认是
--threads/-t: 多核心
---delta=PATH: 指定位置，而不是当前
--sam-short=PATH：保存为SAM短格式
--sam-long=PATH： 保存为SAM长格式
--save=PREFIX：保存suffix array
--load=PREIFX：加载suffix array
步骤二：delta-filter用于过滤比对结果
用法：
delta-filter -i 90 -l 5000 -m jgc.delta > jgc_i90_m_delta.filter
参数解释：
-i: 最小的相似度 [0,100], 默认0
-l: 最小的匹配长度 默认0.
-u: 最小的联配唯一度 [0,100], 默认0
-o: 最大重叠度，针对-r和-q设置。 [0,100], 默认100
-g: 1对1全局匹配，不允许重排
-1: 1对1联配，允许重排，是-r和-q的交集
-m: 多对对联配，允许重排，是-r和-q的合集。
-q: 仅保留每个query在reference上的最佳位置,允许多条query在reference上重叠
-r: 仅保留每个reference在query上的最佳位置,允许多条reference在query上重叠
步骤三：用mummerplot画共线性散点图
用法：
mummerplot -p jgc jgc_i90_m_delta.filter --png --filter
参数介绍：
-b|breaklen：突出显示断点距离最近的序列末端比断点核苷酸更远的排列
-f / --filter：只显示对任意序列上任何特定点的“最佳”命中的.delta文件比对，即引用子序列和查询子序列的一对一映射
-h / --help：显示帮助信息（说明书）
-p|prefix：设置文件前缀(默认是 'out')
-t|terminal：设置输出的是png格式还是postscript（PS格式的）还是X11
得出结果
sz jgc.png #下载文件
