1. 简介
antiSMASH基于聚类检测，通过核心生物合成酶来鉴定45种不同类型的次级代谢产物合成途径。使用内置的ClusterBlast算法，将识别的目标簇与antiSMASH数据库中已知簇进行比较。
2. 安装
2.1 创建并进入安装的基本环境
conda create -n antismash_5.2.0 python=3.7 #实际下载python=3.7.9
conda activate antismash_5.2.0
2.2 借助conda环境安装依赖包
conda install hmmer2 hmmer diamond fasttree prodigal blast muscle glimmerhmm
conda install meme=4.11.2 #官方文档建议安装版本
2.3 下载并安装antismash_5.2.0
wget https://dl.secondarymetabolites.org/releases/5.2.0/antismash-5.2.0.tar.gz
tar -zxf antismash-5.2.0.tar.gz
pip install ./antismash-5.2.0
2.4 下载相应数据库
download-antismash-databases
注：
① 如下载失败，可安装较低版本得biopython，方法见踩坑。
② 如数据库下载太慢，可以参考：周亮亮博客。
2.5 验证antiSMASH是否安装成功
antismash --check-prereqs
只要出现"All prerequisites satisfied"即安装成功。
3. 使用
antismash --cb-general --cb-knownclusters --cb-subclusters --asf --pfam2go --smcog-trees --genefinding-gff3 文件a.gff 文件b.fa
注意：
① 可以直接使用.gbk格式的文件。
② 文件b为完整的基因组序列。
4. 踩坑之旅
4.1 第一次安装
利用conda安装，好家伙，直接失败。
4.2 第二次安装
-
过程：
由于conda直接安装失败，于是按照官方文档，利用conda环境辅助安装依赖包，然后安装antismash。 -
失败：
blast=2.60 python版本要求
用conda创建的环境，python=3.8.5，对于官方测试的依赖包blast=2.60版本过高。 -
解决办法：
按照官方文档已测试的版本，建立python=3.5.3的环境重新安装。
4.3 第三次安装
-
失败：
meme=4.11.2 python版本要求
blast=2.6.0可以安装上了，但是安装meme=4.11.2时，python版本又不合适了。 -
解决办法：
安装python=3.6总可以了吧！
4.4 第四次安装
-
失败1：
在下载数据库时出现：
数据库下载问题 -
解决办法1：
降低biopython的版本
pip3 uninstall biopython
pip3 install biopython==1.76
-
失败2：
数据库下载完成后，在最后一步验证时出现以下问题：
我也不知道哪个地方出了问题 -
解决办法2
根据周亮亮博客的方法，安装antiSMASH_5.1.2。
4.5 第五次安装
-
失败：
创建python=3.6后继续安装，在最后一步出现以下问题：
我又不知道哪里出了问题 -
解决方法：
直接从github上找到了正确的安装方法
5. 安装经验总结
- 根据可以百度到的具体成功安装实例进行安装，在时间上最好是就近的，选择好之后，就全程照着去做。
- 两次尝试失败之后，需要从官方的安装文档入手。
- 如果按照官方的文档安装仍然失败，可以在github网站上查找相关的软件网页，通常会有软件的作者进行解答。
