META分析早就被嫌弃了,生信分析也烂大街了,还能怎么玩?

作者:医学小蛋散(微博)

前言

        相信大家对meta分析都不陌生了吧?循证医学是个好东西,但是国内稍微正规一点的单位都不承认meta分析了,文章标题中只要有meta-analysis” 也会被单位或者杂志社嫌弃地当作meta处理掉(懂得都懂,“meta-analysis”不仅仅是专属临床循证医学的),因此“发meta分析一点作用都没有”。

谁还做META分析啊?

        学习生信分析的“初心”,相信和“老板给8毛但是要你有80万的产出”撇开不了干系 ~但是生信分析也开始烂大街了,渐渐不好发了。就为了求毕业的“干纸人”们,该何处安放我们“该死的本领”呢? 今天给大家分享把META和生信分析“有机结合”的骚操作。

合体会有新火花?

来吧,展示~


我们一起来看看这一波操作~

两个SCI例子

文章类型:

        可见Original article/ research”,意味着这是“原创性”研究,就不是meta分析那种“水货”了。虽然说“冲着生信分析也属于原创信研究”也是我们的“初心”之一,对于压根就没心思了解文章内容乃至科学意义的某些人来说,又怎么知道其隐藏着meta分析的核心呢?

有心动的感觉吗?那就对了,我们一起来看看文章都做了些什么~

骚年,我看你骨骼惊奇,这有本秘籍~

        聪明的读者们不难发现,左边的文章meta分析部分是做了一个标准的提取以往文献中关于TUSC7(又称LOC285194)这个基因的临床样本生存分析数据的荟萃,右边的则是对小细胞肺癌血管生成药物治疗疗效进行了一个网络meta分析。这些操作呢,我们“懂得都懂”,但说多了都是泪~。那么文章的生信部分又做了些什么呢?

一样的配方,能有不一样的味道?

        显然,勤奋聪明好学的读者们一看图就知道,左边的文章是把TCGA所有肿瘤里面这个基因的生存数据都提取出来了,然后再做了一次meta分析,最后根据这个基因的共表达基因做了信号通路和GSEA分析;右边的文章是把一个芯片数据中靠前的下调差异基因做了信号通路分析,接着针对血管生成药物靶点基因的表达情况可视化了出来。可见,这些分析都是入门级别的(T4: 在高分段比较难有亮眼的表现),但是掌握了这些分析对于一个普通的研究生应付“缺乏经费自由”的情况来说,已经很足够了。

如何“优雅”地结合在一起?

        这就要看作者基(yi)础(ben)和(zheng)临(jing)床(de)相(xia)结(che)合(dan)的能力了。不难看出来,左边的文章研究的这个基因对于癌症预后有作用的(运气好,TCGA 生存数据pool出来之后还是有的,相当于外部验证),然后就对这个基因对预后影响的潜在作用的机制进行了分析,自圆其说就完事了;右边的文章也是同样的道理,因为作者临床工作发现了并非所有的抗血管生成抑制剂都对小细胞肺癌治疗都很好(其实阅读临床文章多了结合自身临床实践也就会发现这些药不咋样),那么是为什么呢?于是找了一个小细胞肺癌的芯片数据(小细胞肺癌的测序数据不好找)做了常规的差异表达-信号通路-感兴趣基因表达可视化三联分析。突出显示了血管生成相关的通路都是在小细胞肺癌的下调基因中富集的,加上常见药物的靶点都是在癌组织相对正常组织下调的,这意味着血管生成可能就对小细胞肺癌生长的维持中作用不大(这与常规的认知相“违背”,这不就是创新吗?),靶向一些本来就不是关键的位点能有效吗?

后记:

           Meta分析也好,生信分析也罢,方法学本身不是错。“8毛的成本要有80万的效果”往乐观去看,不也就把“热爱科研的精神小伙们”逼上了“转化医学”这座梁山了吗? 原创性研究?嗯哼,那不就伸手就来呀?啊~ 春季里,我们的SCI要开花了吗?

大大大后记

      (居然有人看到最后了......)

        如果年轻人“不想努力”了,把整理好的数据或者思路告诉小蛋散,我们一起合作发文章也是可以的哟~文章挂个名字就好。有兴趣就私信小蛋散吧~

©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
  • 序言:七十年代末,一起剥皮案震惊了整个滨河市,随后出现的几起案子,更是在滨河造成了极大的恐慌,老刑警刘岩,带你破解...
    沈念sama阅读 218,546评论 6 507
  • 序言:滨河连续发生了三起死亡事件,死亡现场离奇诡异,居然都是意外死亡,警方通过查阅死者的电脑和手机,发现死者居然都...
    沈念sama阅读 93,224评论 3 395
  • 文/潘晓璐 我一进店门,熙熙楼的掌柜王于贵愁眉苦脸地迎上来,“玉大人,你说我怎么就摊上这事。” “怎么了?”我有些...
    开封第一讲书人阅读 164,911评论 0 354
  • 文/不坏的土叔 我叫张陵,是天一观的道长。 经常有香客问我,道长,这世上最难降的妖魔是什么? 我笑而不...
    开封第一讲书人阅读 58,737评论 1 294
  • 正文 为了忘掉前任,我火速办了婚礼,结果婚礼上,老公的妹妹穿的比我还像新娘。我一直安慰自己,他们只是感情好,可当我...
    茶点故事阅读 67,753评论 6 392
  • 文/花漫 我一把揭开白布。 她就那样静静地躺着,像睡着了一般。 火红的嫁衣衬着肌肤如雪。 梳的纹丝不乱的头发上,一...
    开封第一讲书人阅读 51,598评论 1 305
  • 那天,我揣着相机与录音,去河边找鬼。 笑死,一个胖子当着我的面吹牛,可吹牛的内容都是我干的。 我是一名探鬼主播,决...
    沈念sama阅读 40,338评论 3 418
  • 文/苍兰香墨 我猛地睁开眼,长吁一口气:“原来是场噩梦啊……” “哼!你这毒妇竟也来了?” 一声冷哼从身侧响起,我...
    开封第一讲书人阅读 39,249评论 0 276
  • 序言:老挝万荣一对情侣失踪,失踪者是张志新(化名)和其女友刘颖,没想到半个月后,有当地人在树林里发现了一具尸体,经...
    沈念sama阅读 45,696评论 1 314
  • 正文 独居荒郊野岭守林人离奇死亡,尸身上长有42处带血的脓包…… 初始之章·张勋 以下内容为张勋视角 年9月15日...
    茶点故事阅读 37,888评论 3 336
  • 正文 我和宋清朗相恋三年,在试婚纱的时候发现自己被绿了。 大学时的朋友给我发了我未婚夫和他白月光在一起吃饭的照片。...
    茶点故事阅读 40,013评论 1 348
  • 序言:一个原本活蹦乱跳的男人离奇死亡,死状恐怖,灵堂内的尸体忽然破棺而出,到底是诈尸还是另有隐情,我是刑警宁泽,带...
    沈念sama阅读 35,731评论 5 346
  • 正文 年R本政府宣布,位于F岛的核电站,受9级特大地震影响,放射性物质发生泄漏。R本人自食恶果不足惜,却给世界环境...
    茶点故事阅读 41,348评论 3 330
  • 文/蒙蒙 一、第九天 我趴在偏房一处隐蔽的房顶上张望。 院中可真热闹,春花似锦、人声如沸。这庄子的主人今日做“春日...
    开封第一讲书人阅读 31,929评论 0 22
  • 文/苍兰香墨 我抬头看了看天上的太阳。三九已至,却和暖如春,着一层夹袄步出监牢的瞬间,已是汗流浃背。 一阵脚步声响...
    开封第一讲书人阅读 33,048评论 1 270
  • 我被黑心中介骗来泰国打工, 没想到刚下飞机就差点儿被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留,地道东北人。 一个月前我还...
    沈念sama阅读 48,203评论 3 370
  • 正文 我出身青楼,却偏偏与公主长得像,于是被迫代替她去往敌国和亲。 传闻我的和亲对象是个残疾皇子,可洞房花烛夜当晚...
    茶点故事阅读 44,960评论 2 355

推荐阅读更多精彩内容

  • 久违的晴天,家长会。 家长大会开好到教室时,离放学已经没多少时间了。班主任说已经安排了三个家长分享经验。 放学铃声...
    飘雪儿5阅读 7,523评论 16 22
  • 今天感恩节哎,感谢一直在我身边的亲朋好友。感恩相遇!感恩不离不弃。 中午开了第一次的党会,身份的转变要...
    迷月闪星情阅读 10,566评论 0 11
  • 可爱进取,孤独成精。努力飞翔,天堂翱翔。战争美好,孤独进取。胆大飞翔,成就辉煌。努力进取,遥望,和谐家园。可爱游走...
    赵原野阅读 2,727评论 1 1
  • 在妖界我有个名头叫胡百晓,无论是何事,只要找到胡百晓即可有解决的办法。因为是只狐狸大家以讹传讹叫我“倾城百晓”,...
    猫九0110阅读 3,264评论 7 3