为什么要富集病毒?
病毒是一类微小的生命体,能够感染包括人类、动物、植物乃至细菌、古菌在内的几乎所有类型的宿主。因此,病毒通常与其宿主细胞相伴共存。宿主生物的基因组规模通常较大,最小也以百万碱基对(Mb)为单位,而动植物等高等生物的基因组更是达到十亿碱基对(Gb)级别。相比之下,病毒基因组要小得多,一般只有几千碱基对(Kb)左右。
正因如此,在宿主细胞数量庞大、背景复杂的情况下,如果不经过富集处理,直接使用高通量测序技术去寻找病毒,难度堪比“大海捞针”——不仅费时费力,而且成功率也难以保证。
当然,在有些特殊情况下,我们也可以跳过富集步骤,直接进行测序。
比如,某些病毒感染样本中病毒含量非常高,这时直接测序就能捕获到足够多的病毒序列,再做富集反而显得多此一举。
另一种情况是,如果研究目标本身就不要求全面捕获所有病毒,而是“测到多少算多少”,那也可以省去富集环节。
不过,对绝大多数样本来说,宿主背景的干扰往往远高于病毒信号,这时候不做富集,就像在嘈杂的菜市场里想听清一个人说话——所以,病毒富集这一步,通常还是省不得的。
病毒富集的方法有哪些?
根据研究目标是否明确,病毒富集技术主要分为两大策略:“精准抓捕”和“整体围捕”。
1. “精准抓捕”——靶向富集
当你的目标非常明确,比如就是要找出某一种或某几种特定的病毒(例如新冠病毒或流感病毒)时,就适合采用“靶向富集”。
这种方法就像用一块“磁铁”去吸特定的“铁钉”。研究人员会事先根据目标病毒的基因序列,设计出专门的“探针”。这些探针能像磁铁一样,精准地“吸住”样本中与之匹配的病毒核酸,从而将它们捕获出来进行测序。目前,这种方法常用于临床诊断,比如针对呼吸道多种病毒的检测组合(呼吸道病毒Panel)的精准检测。
2. “整体围捕”——颗粒富集
当研究目标是探索未知病毒,或者想了解样本中所有病毒的整体情况时,“颗粒富集”就更合适。这就像不是捡特定的鱼,而是用合适的渔网把水里所有符合大小特征的生物都先捞上来。
这种方法不关心病毒的具体基因序列,而是利用病毒颗粒本身的物理化学特性(比如大小、密度)与宿主细胞组分的差异,通过物理或化学方法将它们“纯化”出来。
目前主流的“颗粒富集”方案主要有以下几类:
(1)按“个头”筛选:过滤法
病毒和细菌、细胞的大小根本不在一个量级——病毒是纳米(nm)级别,而细菌和细胞是微米(μm)级别。这就好比芝麻和苹果的差别。利用不同孔径的滤膜,就能轻松地把“小个子”的病毒和“大块头”的细菌、细胞分离开。常见的技术有普通过滤、超滤浓缩和切向流过滤等。
(2)用“体重”分离:离心法
这个方法就像一场“沉降比赛”。在高速离心下,质量大、密度高的颗粒会跑得更快,先沉到底部。超速离心和密度梯度离心就是利用病毒颗粒与其它颗粒在大小、密度上的差异,通过高速旋转将它们分离开,从而实现富集。
(3)让病毒“抱团”沉淀:化学沉淀法
还有一些方法利用化学试剂让病毒“抱团”变大,从而沉淀下来。比如:
聚乙二醇沉淀法:聚乙二醇(PEG)在特定条件下能让病毒颗粒聚集在一起形成“多聚体”,通过离心就能把这些病毒团块从液体中分离出来。
氯化铝沉淀法:氯化铝水解后会产生胶状物质,这些胶体可以吸附并包裹住病毒颗粒,离心后就能收集到含病毒的胶体,实现富集。