《母巢之战》的剧情由克里斯·梅森设计，延续在《星际争霸》剧情之后，通过游戏内的任务摘要、对话、关键点上的过场动画以及游戏手册向玩家呈现。游戏情节设定于公元26世纪初，发生在银河系中心的克普鲁星区。在剧情开始之前，从地球流放出来的人族建立了数个政权，而人族帝国最终在一场公会战争中取得胜利。但此时地球上的国际组织地球联合理事会派出了一支远征舰队，意图扫清整个星区。与此同时，主宰率领的虫族也入侵了神族的母星艾尔，但最终神族杀死了虫族主宰。艾尔上的虫族仍在肆虐，几只脑虫正在试图合成一个新的主宰。《母巢之战》的剧情发生在《星际争霸》结束的两天之后。剧情分为三个章节，依次以神族、人族和虫族为故事主线。
星际争霸：母巢之战》是由暴雪娱乐和Saffire研发的即时战略游戏《星际争霸》的资料片。剧情紧接着原版的第三章，以三个战役的方式进行，最终刀锋女王凯丽带领虫族夺取了星区内的胜利。
与原作相同，《母巢之战》的战役也分为三个部分，对应三个种族。不过时间线顺序上有一定变更。虽然战役有时间线划分，但是并不需要玩家去解锁。玩家可以从任意一部分战役开始，并且自动保存已经通过的关卡进度。
