探序基因肿瘤研究院 整理
作者安装好了centos8,并安装了R-4.3.2,通过install.paclages("Seurat")自动安装Seurat包。运行了很久很久后,安装完成,运行library(Seurat),发现报错:
载入需要的程辑包:SeuratObject
Error: package or namespace load failed for ‘SeuratObject’ in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]):
载入了名字空间‘Matrix’ 1.6-1.1,但需要的是>= 1.6.3
错误: 无法载入程辑包‘SeuratObject’
解决办法:
退出R再进入,然后install.packages(Matrix)。
再卸载SeuratObject,remove.packages("SeuratObject")
再安装SeuratObject,install.packages("SeuratObject")
最终library("Seurat")成功
Seurat V4和V5版本不同造成的异常:
Seurat包不同版本,可能函数及用法不同。查看Seurat包版本可通过如下命令:
packageVersion("Seurat")
如果用V5版本,可能会造成的问题:
Error in rownames(x = Seurat@assays[["RNA"]]@counts) :
"counts"槽名不存在于"Assay5"类别对象中
解决:可以把V5版本的Seurat安装回V4。去https://cran.r-project.org/web/packages/Seurat/index.html 下载